戴秀雄對此提出建議，關於本案的工程技術面問題，專案小組主席應依職權調查，同時邀請中立第三方專業鑑定，以釐清爭議，做出結論後才能送大會。
建議兩位委員還可參考環保署環評審查的「專家會議」做法，當審查內容涉及重大專業爭議，已無法由委員審下去時，則暫停審查，先聘請專家舉行特定議題的專家會議，例如水資源、海岸漂砂、地質等等，之後再將專家會議的結論納入小組，小組委員就不必為這些專業議題傷腦筋。
過去多項重大爭議案都是這樣處理的，例如國光石化就開了五個專家會議。還有台南東山嶺南永揚掩埋場案，環保署的專家會議中還另外針對地下水、斷層，委託公正第三單位技師調查。事後台南市長賴清德就是根據專家會議的意見，撤銷永揚掩埋場環評結論，當時還獲得不少掌聲。
而如果兩位委員暨不想請專家鑑定，又搞不清楚工程技術，又不想揹黑鍋的話，還有一個辦法。就是施鴻志自己說的，他們都請辭專案小組，由當天與會的政大地政系教授徐世榮重組小組並擔任主席，當天徐世榮已表示願意承擔。
(附表)南鐵地下化，交通部、自救會工程技術爭議表
鐵工局版本稱《東移版》、 自救會版本稱《臨時軌版》
一、臨時軌版要設六米巷道，導致拆遷面積更大？
鐵工局：從衛民街到中華東路路橋以南文化新城約 2.5公里，有3至6米不等巷道，要維持巷道功能，臨時軌東側必須設六米巷道， 這種配置的拆遷面積更大。
自救會：東移版用地 31.3公尺，臨時軌版用地23.52公尺，中間差7.78公尺，足以設6米道路。而東移版土地徵收面積更大，從0.23公頃擴大到5.14公頃。
二、臨時軌案切換鐵軌多1次，工期比較長？
鐵工局：臨時軌的施工順序，先把現有軌切換到臨時軌，永久軌做好後，再切回來，這樣要切2次，導致工期會比較長。
自救會：鐵軌切換只要一天就好了，這是交通部的核心技術，完全不必擔心，也不會影響工期。
三、臨時軌版對交通的影響很大？
鐵工局：台南車站南北兩端各有一個民族路、小東路的地下道， 如果有臨時軌，台南車站最東側要設臨時車站及月台，當軌道往車站南北兩邊延伸時，必須在民族路跟小東路上面新蓋涵洞讓臨時軌走。到了這兩個地下道上方會造成地下道斜坡段線高降低，民族路地下道限高從4.5公尺降到3.5 公尺，影響大型車輛通行。
自救會：依據實地統計，民族路地下道尖峰時段一千輛車子中，只有1%是大客車，如線高真的從4.5公尺變3.5公尺，也只有1%的車子不能過，這不能用交通管制請大型車改道處理？何況自救會得到的資料限高只降到4.27公尺，不是3.5公尺，這個高度足夠全台灣所有車輛通過。
