1940年5月10日，所有在荷蘭境外執行飛行任務的KLM飛機，都收到了荷蘭總部發來的一則簡短無線電命令：「所有航班任務取消，聯絡最近的機場緊急降落。待命。」
大約有十多架KLM執勤班機在數小時之內立刻完成降落，有的飛機降落在巴達維亞，有的降落在倫敦，甚至是美洲的荷屬安地列斯──當時KLM的班機已經遍及了歐、美、亞洲；接著，他們透過當地的電台，知道了迫降的原因：納粹德國入侵荷蘭。KLM的機組成員以及旅客們焦急地等待歐洲的消息；然而，他們等到的，只有從海牙傳來最後的命令：「不要返航。」
5月14日下午1點20分，納粹空軍開始對鹿特丹進行轟炸，宣稱要炸到荷蘭投降為止。總計德軍投放了97噸的炸藥，鹿特丹市中心被夷為平地。
荷蘭淪陷
第二次世界大戰始於1939年德軍入侵波蘭。但是早在此前，歐洲的情勢就已經變得很緊張：德國相繼入侵了奧地利、捷克斯洛伐克，義大利入侵了阿爾巴尼亞。這一切都指出，身為德國鄰國的荷蘭、比利時、盧森堡，很可能是納粹入侵的目標。但是荷蘭當局卻想效法25年前，在第一次世界大戰中保持中立–這是因為荷蘭不想放棄與德國的貿易關係。隨著時局推移，荷蘭政府意識到無論如何要進行軍備擴張以自保，可惜力道不足，而且為時已晚。
二戰開打之後，英國與法國對德國、義大利宣戰，組成同盟國，邀請可能被德國侵略的荷蘭加入；但是抱持著姑息心態的荷蘭拒絕了。1940年初，希特勒想要併吞低地三國以西征英國的計畫意外曝光，英國首相邀請荷蘭加入同盟國，仍然遭到拒絕。4月，德軍入侵丹麥與挪威，荷蘭要想保持中立的可能性又更低了，但是荷蘭政府依然不願意向德國宣戰。直到5月10日荷蘭被入侵，荷蘭都沒有加入同盟國–很諷刺的是，荷蘭民眾一直到被入侵的前一刻，都還樂觀地相信德軍不會攻打自己。
皇家荷蘭航空的總裁普雷斯曼也是這樣相信的，乃至於KLM對於二次世界大戰完全沒有準備。當德軍的傘兵空降海牙的時候，普雷斯曼正在海牙總部。KLM只來得及發出警報，要所有正在境外執行飛行勤務的班機就近降落、而且不要返航。海牙、阿姆斯特丹等主要城市很快就落入德軍的掌握，KLM總部也是如此；她與境外員工的通訊管道被切斷，也被禁止營業。幸運的是，荷蘭並沒有滅亡，KLM也沒有。
王室成員在荷蘭淪陷之前便出走到英國避難，在倫敦成立流亡政府；KLM總部雖然淪陷，但是在法國、英國的分公司依然存在，他們接管了總部的功能，指示荷蘭境外的班機如何應對。此時，KLM僅剩下三個區域航線仍在運作：西印度航線負責聯繫美國與荷蘭在加勒比海的殖民地（安地列斯、庫拉索、以及阿魯巴群島）；緊急降落在東印度群島的飛機則作為巴勒斯坦、澳大利亞、與巴達維亞的民間航班，受KLM的子公司荷蘭東印度航空管理；在英國迫降的五架KLM飛機則是加入了BOAC（英國海外航空公司），在英國政府的指揮下，作為自由西歐、英國海外殖民地、與倫敦之間唯一的聯繫管道。
