對天變和瘟疫關係，明人的言論很多。洪武年間人梁寅認為：「天之情過，則為水旱飢饉疫癘凶札，斯天之失其常者矣。」把瘟疫產生的原因歸於「天之情過」。這裡天變與人事無關，但會造成包括瘟疫在內的人間災禍。天人感應導致人間瘟疫等禍患觀念，似乎是更多民眾的認識。人事有虧或「傷害天和」，就會使上天發怒，降禍於人間，瘟疫大行就是一種懲罰人事的方式。
人事有虧的表現非常多，對父母不孝也會導致天變，降瘟疫懲罰不孝子。如明人黃佐在《泰泉鄉禮》中認為：「五刑之屬三千，而罪莫大於不孝。父母之心，本於慈愛，子孫忤逆者，不欲聞之官，何也？富貴者恐貽羞門戶，貧賤者亦望其回心反哺，故皆含容隱受。然父母吞聲飲恨之際，不覺怨氣有感，是以世之不孝者，或斃於雷，或死於疫。後世衰弱，都受天刑。」
政治敗壞，如皇帝或大臣沒有盡到責任、貪官橫行、災民得不到救助、司法不公等，都是導致天變的因素。如天順元年（1457）五月，巡按直隸監察御史史蘭上奏，順天等府薊州遵化等州縣軍民，自景泰七年（1456）冬至今春夏，瘟疫大作。其原因就在於「雖稱天災流行，亦人事有乖。或因大臣失職不能調燮陰陽，或因用刑夫中有傷天地和氣，或因有司貪酷失於撫字」；嘉靖年間，霍韜曾認為，「豪民殺人取賄如趙遠，誣縛齊民家累萬金，吳世傑構一誣詞殺二十命，有司不察反右焉。如是求怨魂不結，疾疫不興，災變不流行，豈可得哉」。
對瘟疫的恐懼，還使民眾以祈神、驅鬼和祭祀等非理性方法祈求平安。疫災時，明朝皇帝常常下令中央和地方官員都要「修省」，甚至皇帝下「罪己詔」，停止或減少其他慶典活動。祈禱或祭祀也是中央和地方多數官員所青睞的對付瘟疫方式。祈神活動主要表現為：祈禱城隍神等各種神靈，找僧道大作幾日道場，扶植地方神靈為官方祭祀等。祈禱或祭祀顯然是非科學、非理性的錯誤方法，可謂迷信。對症下藥，相信醫學，才是應付瘟疫的正確途徑。
非理性心態的抬頭，反映在以上言論和行為中，但當時不少官員和民眾卻寄望於此，因而祈禱或祭祀活動屢見不鮮。官方的「修省」、祈禱或祭祀活動難以發揮有效的作用，但明王朝多數官員卻熱情參與，能夠體現出政府和官員積極救災的態度，也能利用神力安撫民眾的恐慌心理。若與政府醫療救助等手段相配合，祈禱、祭祀的心理安慰作用，似乎不應完全否定。而除了官方，民間的類似活動也具有此類功能。但只信神靈，而拒絕醫藥的行為，只會使疫情加劇。
本文部分內容取材自崧燁文化《大明也確診：皇朝的封城日記》
責任編輯/柯翎肇
