瘟疫發作時，染疫者往往產生幻覺，常將瘟疫降臨或病情痊癒歸因於神靈、鬼怪或天變。
歸因於神靈對人懲罰。如正德六年（1511），瘟疫流行。大約是福建某處的顧鎮一家，老幼都染上瘟疫，因此全家決定吃素祈神，去除瘟疫。正好有巡撫來開倉賑濟，顧鎮入城取米，偶然忘記吃素的誓言，就去食店買了三尾魚和一壺酒，結果當日回家就病重身亡。後來傳言，有三條魚附在他屍體上，並躍入棺材中。顧鎮之死的傳說，就被附會成神靈對不虔誠之人的懲罰；李遜記載，明末崇禎十六年（1644），北京城瘟疫橫行，出現了「朝病夕逝，人人惴惴不保，有全家數十口，一夕並命者」的慘象。在當時醫藥無效的情況下，崇禎帝特命張應京真人「建醮，而終無驗」。有些北京民眾以為「日中鬼為市」，「店家至有收紙錢者，乃各置水一盆於門，投銀錢於水，以辨真偽。民間終夜擊銅錢器聲，以驅厲崇。聲達九重，上不能禁」。
歸因於神靈庇佑的。如成化年間進士羅玘，成化二十年（1484）奉命往陝西賑濟。第二年三月還至謝埠時，舟中大疫，羅玘也染病在身。四月至青泥灣時，病情加重，羅玘以錐刺手無血，自度必死之際，就與弟羅經訣別，然後正冠瞑目，從卯時到巳時精神恍惚，似入夢境，感覺自己「奄奄若入深泥中，臭腐不可當」。這時聽到有聲音呼叫：天妃已到。羅玘張目清醒，感覺船的頂篷要垮塌一般，有一婦人呼喊道：「一有學之士病在孤舟灘上，無一神道救之者，我來送他一陣好風。」言畢，羅玘感覺船的頂篷不再有垮塌之象，頓感全身冷顫不已，連船都因此而搖動。其弟用幾件蓑衣壓其身保暖，從巳時到未時出了一身臭汗，衣服濕透，才漸覺病情稍有緩和，此後痊癒。當年秋，羅玘又北上經過天妃祠下，特意進謝神靈。十八年後，即弘治十五年（1502），羅玘又路經該地，進香拜謝，並記錄其事，把自己病好的原因，歸功 於神靈天妃的庇佑。
歸因於妖神、鬼怪禍害。明人焦竑記載，陶凱的里人家中大疫，前去探視病者。傳說陶凱「見妖神入甕器中避之，奉紙筆與封識，命棄水中，疫即愈」。這一傳聞，說明明人認為所謂「妖神」，是陶凱的里人家中產生瘟疫的原因；曾掌珠，泰和長溪人，嫁給蕭氏為妻。正統十一年（1446），其家遭大疫。為曾掌珠寫行狀的羅玘認為，這是 「疫鬼入室中」，禍害人的結果；沈德符曾記載，「（弘治）十四年（1501）六月，雲南雲龍州民疫疾，十家九臥，內有不病者，見鬼輒被打死，有被打顯跡，有因沈病死者，有病在家為鬼壓死者，百姓死將半，初五日至十二日止」，這段記載說明時人對瘟疫的恐懼心理，把病因都歸結於 「鬼」的禍害；詹詹外史評輯小說《情史》卷二十一〈情妖類．汝州村人女〉記載，汝州村人女得一美貌丈夫，該丈夫認為自己是野叉所變，「我輩罪業，或與人雜處，則疫癘作」，此處雖是小說記載，也可見明人觀念中，鬼怪與疫癘的密切關聯，這些史料都說明災民對瘟疫的恐懼。
