這項研究一開始沒有在我計畫中，直到臺大醫學院的學生來問我關於荷蘭時代的醫學狀況。 18 世紀前後，歐洲醫學院是以培育內科醫生為主，手術則交由同一體系的理髮師與外科醫生處理，他們並非正統醫師 （physician） ，等到之後解剖學越來越發達，整個體制才慢慢翻轉。
葡萄牙人看見的福爾摩沙，不是臺灣？
幾乎所有歷史教科書都提到， 16 世紀葡萄牙船員遠眺臺灣，讚嘆臺灣為福爾摩沙 （Formosa），但當你仔細分析葡萄牙人到亞洲的文獻後，會得出一個驚人事實！
他們記載的福爾摩沙是西北東南向，長度約 100 公里；臺灣則為東北西南向，長度約 400-500 公里，由此可見葡萄牙人認知中的福爾摩沙，地指沖繩而不是臺灣。
1584 年西班牙船長航經臺灣時，在航海誌首次稱這個島嶼為 As Ilhas Fermosas （意思為美麗諸島），西班牙人後來畫了一幅海圖，將臺灣稱作 Hermosa （艾爾摩沙）。幾經更迭，最終由 1624 年來臺的荷蘭人確立福爾摩沙 （Formosa） 一詞，自此成為西方國家對臺灣的定稱。
而當今教科書所教──葡萄牙人讚嘆臺灣為美麗之島的起源，來自後人推論後的想像。
解讀歷史也需要創意？
地理歷史有很多名詞要背，我不擅長背誦，我喜歡根據事實去推論。
《解碼臺灣史 1550-1720 》書寫的歷史不是新發現，而是根據史料做出接地氣的解釋，你也可以說它是一種創意。
例如，荷蘭時代臺灣中部有位大肚番王 （King of Middag），統轄 18 個村社，在我之前學界都將其翻譯成柯達王 （Quata Ong），這名字聽起來很有學術高度、異國風味，但我覺得這翻譯不符合臺灣風情。
後來我去比對史料跟地名，發現柯達王的統轄領域大肚南社附近有條 Patientie 溪，英文直譯為忍耐之溪，它溪流寬廣，人們渡河時要忍耐水流衝擊，因此為名。身為中部人的我一看就知道這條 Patientie 溪是大甲溪，而柯達王的名字應該是閩南語 Hoan-á-ong（番仔王）的誤傳，因此將他正名為大肚番王。
當我看到文獻提到一個名詞，就會想知道這是臺灣的哪個地方、在現代人生活中的意義是什麼。如果發生在臺灣的事，卻因學術音譯讓人摸不清發生地點，是一件很可惜的事情，所以我才會強調「接地氣」的重要！
書中為何將 1550-1720 年代定義為臺灣信史起源？
目前主流觀點認為臺灣信史是從 1624 年荷蘭人來台才開始，事實上，1555 年與 1563 年分別有徽州、漳州海盜進出臺灣的紀錄，倭寇、走私討生活的人，都比荷蘭人早來臺灣湊熱鬧，從 1550 年到 1624 年這段朦朧不明的前荷蘭時代，我將其定義為「倭寇時代」或「東番時代」。
