黃麴毒素是由真菌（一般是黃麴黴菌）所產生的毒性代謝物，世界衛生組織 1987 年列管為一級致癌物，長期在飲食中攝取過多的黃麴毒素，容易患上肝癌；台灣對於黃麴毒素法定限量是 15ppb，食藥署於 2013 至 2014 年間的抽顯結果顯示，市售花生醬沒有黃麴毒素超標的情況。
黃麴毒素一直是花生醬的頭號敵人，它不但具致癌性，而且難以使用高溫消除。故花生醬食安品質，除了依靠廠商要做好源頭管理，以及政府嚴格稽查執法，消費者也要對花生醬的選購和保存，多加注意。
花生醬的致命宿敵：沙門氏菌與黃麴毒素
花生醬也有食安問題嗎？清大化學系教授凌永健表示，除了過敏以外，花生醬曾經出現的嚴重食安事故分別是沙門氏菌和黃麴毒素。2008 至 2009 年間，美國花生公司（Peanut Corporation of America）前老闆帕內爾（Stewart Parnell）因販售感染沙門氏菌的花生醬，導致 9 人在食用後中毒死亡，有數百人受到感染。據知，該公司位於喬治亞州的廠房衛生條件極度惡劣，老闆更偽造沙門氏菌合格報告，故被重判 28 年，為美國史上判刑最重的食安事件。不過，目前世界各地的花生醬工廠未發現有感染沙門氏菌的案例。
至於黃麴毒素，則是世界衛生組織的一級致癌物，本身具有毒性，長期在飲食中攝取過多的黃麴毒素，容易導致肝細胞突變，造成肝癌，B型、C型肝炎患者和帶原者尤甚。食藥署發佈的《食品中真菌毒素限量標準》第二條規定，花生類食品中的總黃麴毒素限量，不得超過 15ppb。食藥署《101 年度市售食品中真菌毒素含量監測》的資料顯示，1997至2011年共抽驗過 128 件花生醬製品，其中有 7 件不及格，佔抽驗件數的 5.5%。根據 2014 年消基會針對花生醬黃麴毒素的檢測結果，在 20 件花生醬樣品中有半數驗出黃麴毒素，然而，檢出量介乎 0.2 至 9.1ppb，均未超出法定限量。
凌永健補充，雖然消基會的抽驗結果沒有出現黃麴毒素超標的情況，但若長期食用受黃麴毒素感染的花生醬，仍有可能影響身體健康。不過，衛生署（現今之衛福部）引用美國食品藥品監督管理局（Food and Drug Administration，簡稱FDA）的資料指出，曾有一位企圖自殺的實驗室工作人員在 6 個月內服食黃麴毒素B1，總劑量相當於每日攝取 0.66mg 黃麴毒素，食用後，雖然產生短暫的不適症狀，但經 14 年追蹤後，其身體狀況和肝功能均屬正常。因此，若要達到上述案例的劑量，必須連續兩週每天吃下8.2公斤的花生糖，且其黃麴毒素 B1 的含量是80.5ppb，才有可能對身體健康產生影響，但即使如此，避免食用到被黃麴毒素感染的花生醬仍是自我保護之道。
