日本這一切措施並不是為了禁止與外國的貿易，只是害怕基督教傳教士和基督教的影響滲透到日本。雖說是鎖國，實際上並沒有把日本與外界徹底隔絕。它允許兩個國家做貿易—中國和荷蘭。中國不是基督教國家，雖有少量傳教士留在中國，不過應該不會形成大規模的危害。而荷蘭是西方國家，幕府怎麼會許可它來日本呢？ 原來荷蘭人很會做生意。
16世紀末期， 重商主義在荷蘭興起， 海外貿易大大促進荷蘭國力的發展， 17世紀初時，荷蘭已把觸角伸到東亞，建立荷蘭東印度公司，日本是其重視的市場之一。已改奉基督新教的荷蘭人對日本人說他們不是天主教國家，和西班牙、葡萄牙完全不一樣，絕對不會在宗教上危害日本。當時幕府當局害怕的是基督教，而不是西方，一聽荷蘭人的說法， 就答應和他們做貿易， 不過還是很小心， 限定在長崎與中國、荷蘭做貿易，為了害怕傳教士或有關基督教的書籍混雜進來，還把中國人和荷蘭人的居住區限定在一小塊地方，不允許雙方人員自由出入。
據文獻記錄，1634年以後的十年內， 每年平均有57艘商船自中國來到長崎， 每艘船大約有船員50人左右， 這一數字隨著明、清兩代的海禁政策變化有所增減。一開始中國人可以隨便居住在日本人開的民宿或簡易客棧內 ，後來江戶幕府的鎖國政策漸趨嚴厲，為了減少中國船員與當地人之間的糾紛，於是在1689年建立「唐人屋敷」，有點類似今之唐人街。不過「唐人屋敷」是被封閉的，外面建有一條水濠，再用圍牆和竹籬與外界相隔，一般人不得隨意進出，但青樓女子和僧侶可以進入。
據文獻記載，「唐人屋敷」共有三萬六千多平方公尺的面積，裡邊除了倉庫、貨棧等之外，大約有二十棟兩層樓的房子供商人和船員居住，由於往來中國和日本之間相當不易，一般人在此平均居住一百八十天左右。
當時中國的船隻主要來自福建和浙江一帶，帶來的貨物有生絲、紡織品和砂糖 ，還有皮革、中藥和書籍等。砂糖的原料取自甘蔗，而日本不產甘蔗，江戶中期之前，幾乎全仰賴進口， 因而屬於珍稀品。江戶時期之前，中國幾乎是日本唯一的砂糖進口來源，砂糖在品目上原本歸在藥材一類，因此無法確切知曉其進口量，16世紀末期開始獲得官方特別許可的「朱印船」貿易，從中國進口的貨物品目中，首次出現了「砂糖」字樣。後來，砂糖的進口除了與中國的「朱印船」貿易外，又多了一條荷蘭的管道。
據日本學者研究， 1637年由中國進口的砂糖為160萬斤， 1641年為574萬斤，1662年為393萬斤，而這一時期由荷蘭進口的砂糖每年大約70萬斤左右，數量不少。另一類是書籍，商人們運送書籍的目的當然不是為了傳播文化，而是中國書籍在日本擁有廣泛的市場，可以盈利，這時期傳入的書籍有中國古典文學書 、歷史書、醫學書、本草書等。
