1999年7月9日，李登輝總統提出特殊的國與國關係（常被稱為「兩國論」）說法後，中國強化了反對「一個中國，各自表述」的態度，認為這個說法的目的在於將「兩國論」合理化。7月11日，國臺辦發言人公開聲明，明確否定「一個中國、各自表述」：「臺灣當局…謊稱兩會達成過『一個中國、各自表述』的共識，甚至說成是『一個中國涵義、各自表述』。」7月21日，唐樹備做出評論，認為特殊兩國論違反了一個中國原則：「把兩岸說成國與國之間的關係，是對一個中國原則粗暴的破壞，海基會某些負責人把兩岸關係說成是國與國的關係，也是對1992年兩會共識的粗暴破壞。」7月30日，海協會對「辜董事長談話稿」表示不予接受，退回海基會。海協會聲明「『談話稿』還別有用心地將1992年兩會達成的『海峽兩岸均堅持一個中國原則』的口頭共識歪曲為『一個中國口頭上各自表述』，這是枉費心機的。」可見，當時中國認為將「九二共識」歸納為「一中各表」是國民黨的故意扭曲。
2000年3月10日，唐樹備在臺灣總統大選投票前夕發表談話，再度否定「一個中國，各自表述」，但認為只要堅持一個中國原則，就可以不討論一個中國的內涵，而且假如臺灣回到1992年共識的話，兩岸兩會就可以重新交流。當時中國以為連戰會當選總統。面對臺灣首次政黨輪替，2000年4月28日，即將卸任的陸委會主委蘇起建議新總統陳水扁以「九二共識」這個名詞，在字面上替代國民黨自1995至2000年間使用的「一個中國、各自表述」的說法。根據蘇起本人於2006年2月21日的公開說明，在九二香港會談後，至2000年政黨輪替前這段期間，中國國民黨對中華民國與中華人民共和國並存的現實狀況，一直想要以「一個中國、各自表述」來取得兩岸間的共識。但是中國大陸方面堅持「一個中國原則」，另一方面，即將執政的民進黨又無法接受「一中」，於是他創造出「九二共識」這個新名詞，在字面上取代「一中各表」，只是其本意還是「一中各表」。蘇起認為，替「一中各表」換個新名字，可以緩和民進黨執政後可能對兩岸關係造成的緊張，並且為兩岸持續交流找到雙方都可以接受的共同點。蘇起說，「沒想到中共接受了，美國也接受了，就是民進黨政府不願接受」。
「九二共識」一詞被蘇起創造出來一年之後，才逐漸被中國採用。2001年4月27日，國臺辦發言人張銘清發表談話紀念辜汪會談八周年，首次正式使用「九二共識」一詞。張銘清在談話中將「九二共識」解釋為「各自以口頭方式表述海峽兩岸均堅持一個中國原則」的共識。2001年12月16日，海協會會長汪道涵在慶祝海協會成立十周年致詞中解釋「九二共識」的涵義為「1992年海協與臺灣海基會達成共識，各自以口頭表述的方式表明『海峽兩岸均堅持一個中國原則』和『努力謀求國家統一』的立場與態度。」中國國務院副總理錢其琛在2002年1月24日發表談話稱「九二共識」對當前兩岸關係仍具重要意義，應予維護。他解釋「九二共識」為「1992年海協與臺灣的海基會達成各自以口頭方式表述『海峽兩岸均堅持一個中國原則』的共識」。同年3月，中國國家主席江澤民在參加人大會議時表示，只要臺灣當局承認「一個中國」，承認「九二共識」，他願意馬上訪問臺灣。這是中國最高領導人在經過十年後第一次正式提到「九二共識」。
