至於為什麼一定要曠日費時地重新檢視遠遠超過30年的檔案，國史館的解釋是，處理舊有檔案曠日費時的原因可分為兩個層次，首先須確認是否為密件，若為密件，則須由原機關重新檢視是否解密；再者，不論是否為密件，只要涉及個資或隱私權，都必須逐一遮蔽後才能開放，「儘管當事人都已經是離世的『歷史人物』，但難免猶有後人在，不論是地址、病歷、甚至死亡之法醫鑑定等等，還是要慎重。」
檔案法與資訊公開法適用順位有歧見 法務部從嚴
而問題最大的是，國史館限定陸港澳學者的申請閱覽資格，是否有箝制學術自由之虞？以前為何未對學者身份加以限制？民進黨重返執政卻要「嚴格限制」？
早在1997年已開放的大溪檔案，最初是根據內規《國史館機要檔案閱覽規則》，提供大陸人士閱覽。2005年，政府資訊公開法公布後，國史館將政府資訊公開法的資格限制限縮在機關檔案，訂定《國史館檔案及政府資訊開放應用須知》，已開放的館藏檔案可不受資訊公開法的約束，認為已可給陸港澳學者最大的方便。而2016年頒發的閱覽新制，則主張過去開放的館藏檔案仍應適用檔案法與政府資訊公開法。
根據《政府資訊公開法》，本國人（包括本國人及領有中華民國護照者）自可依法申請，但「外國人」，則必須是該國未限制中華民國國民申請資訊者，才可以申請。檔案法是政府資訊公開法的「特別法」，照正常應該優先適用《檔案法》，即不設限，偏偏該法第一條開宣明義留了一個但書：「本法未規定者，適用其他法令規定。」此外，不論是否依據檔案法，是否現行限制較以前嚴格？國史館人員表示，她沒有權限回答。
唯國史館據此認定，因為檔案法沒有規範申請閱覽者的身份，所以依照這個但書，「只能適用資訊公開法」，前後任政府的「法令解釋歧見」，吳密察還是請出法務部解釋，「法的適用不是我了算耶。」難12月初的公聽會上，法務部代表的意見是「得比照平等互惠之精神及政府資訊公開法關於資訊公開限制等規定個案審酌」，吳密察解釋，會後進一步詢問，所謂平等互惠精神和「個案審酌」，是指雙方機構訂有學術交流計畫的特殊情形，絕對不是通案式提供閱覽。
照這個解釋，國史館公開上線的檔案材料之外，幾乎已可斷言，未來陸港澳學者在蔡政府執政期間，除非請台灣學者以人頭方式代借閱並抄錄之，大概是無緣再申請以國史館相關檔案進行任何研究了。這到底是好是壞？實難逆料，以國史館正和蔣家正在打的《蔣介石日記》權利所屬官司，從保存國家檔案與史料的角度，自是回歸國家保存為宜，但以目前在美國史丹佛大學胡佛研究中心《蔣檔》的運用情況，陸港澳學者絡驛於途的盛況，搬回台灣反而造成研究阻力，就算在台灣打贏官司，赴美再打官司，就學術研究和學術自由的觀點，就未必能站在有利的一方。
