判決指出，《憲法》第16條保障人民的訴訟權，而《公民與政治權利國際公約》第2條第3項明定國家在個人權利和自由受侵害時有確保人民得到有效救濟的義務，然而，《國家安全法》第9條第2款卻剝奪人民追求真相與正義的權利，也阻礙國家履行調查真相、追究責任等轉型正義的義務，因此，該條文「自始無效」，而曾認定該條文合憲的大法官會議釋字第272號也應予變更。
關於《補償條例》，判決首先指出，依《公民與政治權利國際公約》第2條第3項及第31號一般性意見，國家負有調查人權侵害、確保對個人權利受損作出賠償的義務，《憲法》第24條也規定，國家對公權力違法侵害人民權利負有賠償責任，然而《補償條例》的名稱及立法目的並未確認戒嚴時期國家侵害人民權利、恣意剝奪生命的不法性，也未承認國家對這些行為有賠償責任。
而《補償條例》第2條第2項將補償對象限縮在被判內亂、外患罪名者，因此，原本被以叛亂罪與族人高一生、湯守仁等同時被補，最後卻以《懲治貪污條例》的貪污罪定罪的杜孝生被排除補償，判決認為，該條文牴觸《憲法》第7條的平等原則，大法官會議釋字第477號的相關部分也應予變更。孫迺翊對此表示，當時的軍事審判程序都遭情治單位操控，該條文未能涵蓋基於政治因素而被判觸犯內亂、外患、《戡亂時期檢肅匪諜條例》以外的罪名者，範圍過窄。
大法官並判決《補償條例》第8條第1項第2款將曾「觸犯內亂罪、外患罪確有實據」者排除在補償之外的規定違反《憲法》第7條的平等原則及第24條關於國家賠償責任的意旨，「自始無效」。判決指出，該條文未考慮戒嚴時期軍事審判制度已逾越正當法律程序的最低限度以及「不法國家」時期的政治犯有無受冤屈的可能，形同變相肯認、容許國家在非常時期可不擇手段地迫害政治異己。
大法官林孟皇：李媽兜這樣的「國家的敵人」，仍應予補償
以當時從事反政府行動、建立共產黨地下組織而被判違反舊《刑法》第100條第1項內亂罪，被以軍法判處唯一死刑而槍決的李媽兜為例，大法官林孟皇指出，即使是像李媽兜這樣的「國家的敵人」，仍應予以補償，「堅守自由民主憲政秩序是最基本的要求」，在自由民主憲政秩序下，李媽兜應享有公正審判的權利、上訴的機會，且依《刑法》判處唯一死刑也違反《公民與政治權利國際公約》關於使用死刑的規定。孫迺翊則說，當時的軍法審判體系受統治者的操控，審判程序牴觸即便是國家在緊急危難狀態下也不能克減的對人權保障的最低義務，因此，國家對此負有賠償責任。
判決指出，立法機關應在判決公布日起1年內，修正違憲的《補償條例》相關條文，行政院應編列預算，支應過去受到相關違憲條文而未能領取補償者，而且台北高等行政法院也應就杜孝生之子、杜銘哲就申請補償遭拒所提出的訴訟案件，作「適法之裁判」；另外，立法機關也應在1年內通盤規畫，回復被《國家安全法》第9條第2款剝奪司法救濟權者的上訴權利，相關規畫應包括上訴程序、管轄法院、上訴權人、上訴期限、卷證檔案保存與移交等事項，且立法院制定或修正有關我國「不法國家」時期政治檔案與史料的規範前，各機關依《檔案法》應定期保存1991年5月1日以前的檔案，不得銷毀；立法、行政部門也有進行轉型正義的義務。
