一九九六年，李登輝與連戰搭檔，以五八一萬票、五四％的得票率，在首屆總統直選中脫穎而出，其他競爭者中包括黨內長年宿敵林洋港與郝柏村這對搭檔。這次勝選，為台灣政治發展確立了一條至今二十四年沒有回頭的民主大道。
一九九一年五月，李登輝宣布終止動員戡亂時期，也廢止了《動員戡亂時期臨時條款》。隨後開始進行修憲工程，第一個目標就是要讓中央民意代表得以全面改選。
國民大會於四月通過第一次憲法增修條文，主要內容包括：明定第二屆中央民意代表產生辦法、任期；賦予總統發布緊急命令的職權；明定兩岸人民權利義務關係，得以法律規定之。
總統由誰選？主流非主流再戰
第一點啟動了國會全面改選，第二點是補《動員戡亂臨時條款》廢除後總統失去「緊急處分令」的法源，第三點則是李登輝開始鋪陳他的兩岸協商之路。
一九九一年八月，李登輝指示黨內組成「修憲策畫小組」，由副總統李元簇召集，展開第二段修憲，而修憲重點在於總統選舉方式。行政院副院長施啟揚、陸委會副主委馬英九分別出任研究分組的正、副召集人。
經過七個月研商後，修憲策畫小組在九二年三月把討論結果交由國民黨十三屆三中全會討論。在這次會議中，總統是否直選議題，再度引發主流與非主流大戰。
施啟揚、馬英九一直以「委任直選」（間接選舉）做為規畫方向，但民意傾向直選，李登輝最後掀的底牌是向民意靠攏。三中全會上，他決定推動「總統直選」。李登輝派出黨正、副秘書長宋楚瑜、徐立德奔走協商串連，最後雙方妥協，決議以「直選」為原則，但沒有明確說何時實施直選。
李登輝這一轉折重傷馬英九，這位國民黨明日之星在三中全會上問記者：「你們以後還相信我嗎？」而施啟揚則回應得更婉轉，他說「民意像流水」。
新國民黨連線成員成立新黨
國民黨內主流派與非主流派鬥爭愈烈。九二年底，立法院首次全面改選，環保署長趙少康、財政部長王建煊辭官參選，其他未獲黨中央提名的新國民黨連線成員多人自行參選，且大獲全勝。
九三年一月，郝柏村辭去行政院長後，李登輝為首的「主流派」取得國民黨主導權，新國民黨連線成員也於八月退出國民黨，成立新黨，國民黨正式分裂。
九二年三中全會對直選問題含糊通過，所以當年第二屆國大修憲也沒能解決此問題。當時只在增修條文第十條明文：總統、副總統由中華民國自由地區全體人民選舉之，自中華民國八十五年第九任總統、副總統選舉實施。前項選舉之方式，由總統於中華民國八十四年五月二十日前召集國民大會臨時會，以憲法增修條文定之。
九二年修憲主要只確定了直轄市與省長直選問題。直到主流派全面掌權，才在九四年七月第二屆國民大會第四次臨時會中落實，確定總統、副總統於下一次、一九九六年的選舉中，以人民直接選舉方式進行。這次修憲也取消了行政院長副署權。
李登輝大致完成了台灣民主改革布局。
在國際上贏得「民主先生」稱號
一九九六年，李登輝與連戰搭檔，以五八一萬票、五四％的得票率在首屆總統直選中脫穎而出，其他競爭者包括黨內長年宿敵林洋港與郝柏村這對搭檔。
這次勝選，為李登輝在國際上贏得「民主先生」（Mr. Democracy）之名，也為台灣政治發展確立了一條至今二十四年沒有回頭的民主大道。
