近年來，香港發生多起書商失蹤的案例，據信他們都曾販賣中國內地禁售的政治書籍，五名書商曾被關押在內地，其中一人從泰國被帶走，另一人則是在香港街頭失蹤。他們失蹤後數月分別在電視上認罪，曾有人表示是被迫認罪。
泛民派香港議員毛孟靜（Claudia Mo）對BBC表示：「中國共產黨知道香港人對中國認同薄弱，想要進一步加強香港就是中國的態度。」她也指出，本月又有4名泛民派立法會議員被取消議員資格，親北京的建制派完全占了上風。「我們失去了否決權，」她說。
港府：絕對遵守「一國兩制」及《基本法》
對於外界擔憂，香港行政長官林鄭月娥25日僅表示，已經和中央政府商討很久，她有信心「一地兩檢」方案符合「一國兩制」及《基本法》，林鄭月娥指出，「內地口岸區」不算香港特區領土，所以不會違反《基本法》。香港律政司司長袁國強也強調，「一地兩檢」由特區政府提出，不是中央政府的決定，沒有理由破壞一國兩制。
袁國強說，高鐵是跨境鐵路，通關選擇只有「兩地兩檢」及「一地兩檢」，兩地各自的通關程序、適用法律和乘客權益都不會改變，重申「一地兩檢」目的是便利乘客，「不存在削弱香港人權益」。
但袁國強也承認，目前還沒有釐清哪些法律與清關手續有直接關聯，所以「內地口岸區」不能只執行中國大陸的出入境法律。
香港運輸及房屋局局長陳帆則說，高鐵低碳、環保，對經濟有裨益及創造就業機會。廣深港高鐵香港段將會連接全國的鐵路網路，高效省時的通關程序是必要的。港府稱，高鐵行駛速度快、列車空間有限，加上最多可乘載579個旅客，執法人員難以完成通關程序，因此最後選擇一地兩檢。
過往爭議與未來立法程序
高鐵香港段自2009年興建計劃被提出後，預算超支、完工日程延誤、一地兩檢等等，一直是爭議話題。2009年12月和2010年1月發生反高鐵示威，示威者曾包圍立法會，高鐵工程所到之處的原居民權益也曾是爭議焦點。
香港政府稱，「一地兩檢」將需要三個步驟以消除法律障礙。
一、內地與香港達成《合作安排》：包括口岸區設立範圍及管轄權事宜、對旅客出入境監管等
二、港府繼續與中央部門合作，包括香港社會及立法會進行討論後，共同尋求全國人大常委會作出決定，批准及確認《合作安排》。
三、全國人大常會批准《合作安排》後，港府需向香港立法會提交本地立法建議，以期於2017-18年立法年度內完成立法工作。
