但我們怎麼來判斷大學會是個理性的主體？臺灣現有的大學多屬「樹小牆新」的機構，與傳統西方大學相較之下，尚處於青少年階段，所以若逕自認定在臺灣的大學必是理性又講道理的主體，並賦予很大的自主空間，如此的認定及賦權並不切實際。臺灣的大學必須受到外部監管──這監管可來自主管機關、媒體輿論或社會大眾──應該是件合理的事。
但我們如何地來監管大學？組成大學主幹之一的教授團，本來就已是社會菁英，外部的監管會比大學的自律自主來得高明？假如我們不賦予大學相當的權限，而由主管機關給予很大的規範，其結果就會流於臺灣高等教育的現狀。也就是，在官僚體制指導大學的情況下，臺灣大致上只有一所「教育部大學」，所有的大學流於「集體的平庸」。
傳統上，大學被視為是進步的力量，社會的中堅。所以，大學自主的理念大致緊扣在大學的獨立運作。從消極面而言，大學不受政治的、宗教的或意識型態勢力的橫加干涉；從積極面而言，凡屬學術自由及內部事項，大學本身都能全權決定。但近年來，大學應該自主的理由，也擴及到「大學自主是回應民主社會對多元價值觀的肯定及對人類社會多樣化的尊重。」社會的多變及滿足不同人的需求，是大學應該自主的新理由。大學自主是應對複雜人類社會的良方。
在大學應該自主及臺灣的大學自主也應該有外部監管的認定下，我們其實要釐清的是大學自主這一理念的具體內涵。當下我們在討論大學自主時，焦點集中在校長的遴選上。其實，「大學自主」的理念內涵並不止於此。
根據「歐洲大學協會」（European University Association），大學自主是由四種自主所組成。分別是「組織上的自主」（organizational autonomy，又可再分為七個子項目）、「財政上的自主」（financial autonomy，由五個子項目組成）、「人事的自主」（staffing autonomy，下分四個子項目）及「學術的自主」（academic autonomy，由七個子項目所組成）。在這洋洋灑灑的自主項目中，大學校長的遴選程序、候選資格、解聘及任期時間，落在「組織上的自主」項下。這個協會不僅律定了「大學自主」的具體內涵，且定期評鑑歐洲國家的大學在上述四項大學自主上的表現。值得注意的是，有些國家在某些自主項下的得分並不高，但那些國家的大學仍然廣受肯定。
面對因為校長遴選而引起有關大學自主的爭議，我們發現，這個社會的大部分人並不了解「為什麼大學要自主？」、「為什麼大學要受外部的監管？」及「大學應該或可以在什麼事項上自主？」。假如大學對臺灣是否能成為貨真價實的民主國家、及是否能維持社會的穩定發展有重大的影響，為什麼我們國家連一個像樣子的高等教育研究機構也沒有呢？
我們在此呼籲臺大、師大、中央研究院、國家教育研究院，或任何有企圖心的綜合大學趕緊去設置高等教育研究單位或中心。
我們也要指出，大學的主管機關絕不能是教育部或科技部。在臺灣，能管得住大學或管得好大學的行政設計還沒有出現。
基於上述，能否請大家在討論與大學自主相關的問題時，稍為謙遜一點。
＊本文原刊《通識在線》，授權轉載。
