胡宗南身受蔣中正寵信，都不免在日記留下對蔣中正胡亂指揮部隊的抱怨，顯示蔣中正過於干預戰場指揮官，希望以自己一人的智慧，超越軍隊龐大參謀體系，以及現場指揮官對戰況的實際掌握，在胡宗南身上，卻造成了部隊嚴重的損失，使國府兵力發生了巨大損失。
黃埔系將領難免被蔣中正干預指揮，但是非黃埔系的將領，抱怨更是不少，孫立人出身美國維吉尼亞軍校，與許多黃埔系統將領相處不太好，對蔣中正私下抱怨不少，這也促成國府遷台後，顧忌孫立人的態度，最後必須將孫立人軟禁，以避免孫立人挾陸軍之勢，威脅國府在台統治。
根據美國國務院公開檔案，1948年9月1日到2日在東北遼瀋戰役進入關鍵階段期間，孫立人與美國駐廣東總領事館盧登談話時，對國府的軍事指揮大肆批評，根據國務院檔案，孫立人嚴厲地批評杜聿明在東北指揮作戰無能，讓孫的新一軍困在東北，任何即使只是有限度的攻擊共軍計畫，杜聿明都不願意提出。孫立人說，中國陸軍有許多好將軍，但是他們無法獲得授權採取行動，軍官是被指示要做什麼，而不是如何做。當戰地指揮官執行任務時，不應該受到上級的干預，除非他表現失敗，將他撤職之外，這個原則並不適用在中國陸軍身上，因為他們不斷受到南京的干預，甚至是蔣中正，當這種情況非常普及時，是不可能期待能有軍事上的成功。
盧登問華北情勢，孫立人表示，在他個人的看法，除了傅作義（後來投共）之外，沒有任何戰地指揮官與共軍作戰，傅作義並沒有獲得中央政府的支持，南京的指揮高層忌妒傅作義的軍事力量，因此不肯支援傅作義。南京的指揮高層並沒有在打仗，而是回到指揮官之間互相牽制的軍閥時代，這些高層擔心自己的地位不保。孫立人批評參謀總長顧祝同，陸軍總司令余漢謀，他認為，任命他們是絕對不可能獲得軍事勝利，這兩人在軍事上都十分無能，兩個人都有貪腐的問題。
孫立人提及美軍顧問建議在廣州訓練三個師，這項計畫無法得到南京國府的配合與合作，沒有任何一個師到達指定地點展開任何訓練。孫立人引述美軍顧問巴大維說法，巴大維對於新兵被聚集在一起，不給食物與飲水的悲慘狀況，感到很憤怒，孫立人感到很丟臉，讓一位美軍將領發現這些中國士兵所受到的待遇，但這是很常見的情況，假如他有辦法，他會審判這位必須負責的師長，如果不槍斃這位師長，至少要嚴厲的懲罰，但是這位軍官有很多朋友。
一如孫立人向美國官員的抱怨，蔣中正在國共內戰期間，他個人過度干預戰場指揮官的調兵遣將，有時真會造成無可彌補的錯誤，胡宗南部的潰敗，就是最好的例子。
