針對深澳電廠爭議，環保署長李應元在專訪中表示，要求用公投表決要核四還是要深澳，若大家選擇核四，願下台承擔責任。在各界爭執不休中，公投可能是一個「沒辦法中的辦法」，但要注意的是這種公投，引發的問題很可能比解決的還多，而且李應元提出的公投題目顯然根本就錯了。
深澳燃煤電廠環評案通過後，不僅引發地方民眾抗議，社會各界對蔡政府的能源政策亦有疑慮；前總統馬英九日前就說：若重啟核四就沒有深澳問題。李應元就表示，國民黨要核電，「大家可以來表決」，公投題目就設定「是不是重啟核四不要蓋深澳電廠」，若公投結果顯示大家真的都願意重啟核四、關掉深澳電廠，他說：「我下台」。
對於一個上任2年，就讓台灣排放增加、空污惡化，為了種電不惜放水，放任各地的溼地、生態保育區、埤塘等都受破壞的環保署長，其是否下台應該不是一件值得關切的事，甚至可能對環保更有利的事，但拿核四、深澳電廠二選一作公投，卻存在著不少爭議，及許多更值得深思的問題。
要核四還是深澳電廠，隱含的選擇就是要核電還是煤電（或是火電），其實這也是能源政策的定調決策。這當然是直接民主的體現，不過，直接民主的長久存在的爭議與問題也難避免。
以能源政策而言，不必懷疑，這當然是一個高度專業的議題，需要考量者不是僅止於民眾的「個人偏好」，還包括不同發電方式的技術及展望前景、當前及未來的成本預估（及其對電價的影響）、面對的風險、對環境與生態的衝擊、國際的作法與潮流，甚至還有供電自主性與國家安全的考量。
大部份民眾很難在短時間內，消化吸收及了解如此鉅量又龐雜的資訊，從而能作出正確的決策。過去能源政策、供電結構比問題，當然就是專業的官僚與學者專家參與，一起作出決策。
如果我們說透過公投的直接民主，對能源政策作出取捨決策，原本就是要避免「專家獨裁」，尋求「真正的民意」，且在兩方辯駁中，民眾必然可吸收更多資訊，從而作出合理的決定；但在這個案例中，卻又可能出現「不合理的公投範疇」。
依照李應元的說法，公投是要在核四與深澳中二選一；某個角度而言，讓許多「不相干」的人投票，決定要啟用位在貢寮的核四，或要興建深澳的煤電廠，都有詭異難有說服力之處。這就好像雙北的天龍國人公投，決定把台中火力發電廠（或高雄興達電廠），增加10組發電機組強化「南電北送」，或是中南部民眾公投決定在台北市內（例如中正紀念堂現址）蓋一座火電廠達到「北電自足」一樣，反正大家都是「別人家的小孩死不完」。
有這樣的公投嗎？或是說公投可以這樣嗎？這個題目投完後，下次是否要公投「你贊成核三延役還是興達增建火電機組？」，或是拿核四與中火增機組一起公投？顯然，李應元連公投題目該如何抓，都搞錯方向。
