1949年9月1日，屬於政府從大陸遷徙台灣的關鍵期，台灣全省警備總司令部撤銷，改制為台灣省保安司令部。「警總」雖然一度在名稱上走入歷史，其職責卻仍由保安司令部接手，此為「警總」歷史的第二階段。隨後持續到「八二三砲戰」爆發前的1958年8月14日，才又由台灣防衛總司令部、台灣省保安司令部、台灣省民防司令部及台北衛戍司令部合組新的台灣警備總司令部。
「警總」歷史就此進入了第三階段，並且從1964年起又被賦予了後備軍人的管理與動員工作，於是在「警總」的體系之外又成立一個平行的台灣軍管區司令部。台灣軍管區司令部的司令由「警總」的總司令兼任，除了在戰爭爆發時將後備軍人動員到前線參戰或者支援前線外，還必須要在民主化即將到來的和平時代動員後備軍人在選舉中投票給中國國民黨提名的候選人。
從1985年起，台灣開始進入都市化、本土化以及自由化的時代，原本以肅清匪諜與台獨為任務的「警總」，轉而指揮憲兵和各地警局執行肅清流氓的任務。另外「警總」還開始針對大陸漁船走私違禁品，甚至於武器到台灣的非法行為實施掃蕩，這也解釋了為什麼今日真正從組織還有精神上繼承了「警總」的單位是海巡署了。
「警總」的性質
郭冠佑是從事口述歷史出身，因此這本《臺灣警總－世人所不了解的警備總部沿革史與歷任總司令》也放入了部份「警總」老兵的口述訪談。不過就如同在中國大陸，極少有老人願意站出來承認自己是「偽軍」一樣，台灣也很少有老人願意站出來承認自己是「警總」。所以總共只有三位「警總」老兵的口述訪談，被收錄到這本書裡。
然而閱讀郭冠佑的書下來，會發現其實「警總」的任務並不只是為無辜者羅織罪名或者製造「白色恐怖」，他們的性質其實與對岸的「武警」其實有些許接近，屬於維護台灣內部安全與社會穩定的「內務部隊」。台灣四周圍的沿海地帶，鐵路線上的隧道以及中央的山脈安全都由「警總」負責，看管監獄囚犯的重責大任同樣少不了「警總」。
根據美軍顧問團的建議，國防部從50年代起陸續將隨蔣中正從大陸撤退來台的外省老兵除役，逐步由眷村長大的外省二代還有本省人取代。這些退下來的資深榮民當中，許多人直接進入「警總」服務，持續擔任維護台灣安定的「內務部隊」。比如出版本書的吳尚融，爺爺吳海龍就在除役後進入「警總」服務，負責守備海防。
從這個角度來看，並非所有加入「警總」的都是壞人，還有許多的老士官長其實就是我們小時候身邊時常看到的榮民伯伯。其中接受郭冠佑訪問的徐友山先生，甚至還是抗戰時參加過衡陽保衛戰的第10軍英雄，因此不能用粗暴的「二分法」將整個「警總」與「白色恐怖」混為一談。正如同當「偽軍」，並不等於和「漢奸」畫上等號。
