1955年（民國44年）「中美合作研究原子能和平用途協定」正式簽字，政府決定設立原子科學研究機構，研究發展原子科學，乃電召梅貽琦校長（1889～1962，字月涵）由美返國籌議。同年12月，行政院組設清華大學研究院籌備委員會，決定將校址設於新竹赤土崎（今新竹市東區一帶），先設原子科學研究所，招收研究生。翌年（1956年／民國45年）1月，在臺北成立籌備處，敦請陳可忠先生為主任，籌備處館舍後來座落於臺北市金華街，即是今日的「清華臺北辦事處」，又稱「月涵堂」，以紀念梅校長。清華在臺復校工作自此開始，名為復校，實為建校，因為除了梅校長外，並無任何一物來自北平（今北京），擇地、建屋、購置圖書儀器、裝配實驗室，一切都從頭做起，備極艱辛。清華在新竹的校地，是中國石油公司所撥讓的赤土崎（今新竹市東區中部）土地約42甲，連同新竹縣政府贈送土地約34甲，又陸續收購民地，總校址面積達86甲多。之後著手興建校舍，建築先後依次為行政大樓、東院教授宿舍、物理館、新南院教授宿舍、單身教授宿舍、反應器實驗館、核工館、科學儀器館。建設校舍之同時，亦著手準備招生授課。1956年（民國45年）9月，招考原子科學研究所首屆研究生，修業二年，畢業授理學碩士學位。自此清華正式在新竹建校，由梅貽琦擔任校長。」
以上摘錄自──《百歲清華：百年校慶活動集錦》之「後記／國立清華大學新竹建校簡史」
由上面敘述可知，撤退來臺灣的中華民國政府，在民國40年代推動清華大學在臺復校的一個很重要的原因就是──「發展原子能，或者說是為發展原子彈預作準備」
「八二三砲戰」期間，美國曾考慮要動用核子武器來對付大陸
1958年（民國47年）──「八二三砲戰（第二次臺海危機）」爆發之後，美國總統艾森豪與國務卿杜勒斯曾思考要動用核子武器來對付大陸。但之後考慮到使用核子武器不但會讓蘇聯有藉口介入東亞，同時還會造成臺海兩岸超過20萬無辜百姓喪生，因此美國與中華民國始終未將動用核子武器作為實際選項。不過為了嚇阻中國大陸進犯臺灣，艾森豪總統因此下令將可裝載核彈頭的──屠牛式飛彈（Matador／MGM-1飛彈）運至臺灣。根據美國防部在1978年的文件指出，屠牛士飛彈其實早在「八二三砲戰（第二次臺海危機）」前一年（1957年／民國46年）就已進駐臺灣，隔年（即砲戰爆發之後）便裝上核彈頭待命。因為在前一年1957年（民國46年），中華民國與美國發表的聯合聲明就指出：「為了結合美國業已採取的其他加強臺灣防禦並從而加強西太平洋防務的措施，已同意配備有鬥牛士戰術飛彈的美國空軍部隊在將來駐紮於臺灣」（註一）。
