要特別注意的是，「常設仲裁法院」與一般的法院有所區別，它不像法院有固定的法官（書記等），它的組織鬆散，依「常設仲裁法院」組織規制，只有包括常設理事會（Administrative Council）、類似書記處的國際事務局（International Bureau）及一份仲裁員（Arbitrator）名單等。就實務上來看，每當有訴訟時就會選出5人成立仲裁法院。而仲裁案件要經雙方當事國同意，之後仲裁雙方應遵守下列程序，參與仲裁的兩國各指派仲裁員（法官）一人，其中一人得為本國籍，或為該國所提名或推薦之仲裁員（法官），其他三名則由兩國協議後產生，之後由這些人組成仲裁法庭。仲裁庭設主席一人，由仲裁員（法官）相互選舉產生。但主席沒有裁決權，仲裁結果交由仲裁員以過半票數表決通過。而仲裁係依據現行法律裁決，但爭端當事國也會授權仲裁者依其公允善良原則（Ex aequo et bono）來裁決。這與1907年時所依循的仲裁規則已經有相當大的差異，當時的《和平解決國際爭端公約》規定，每一個締約國可以最多任命四名仲裁員，這些仲裁員的任期六年，期滿可以連任，成員應具知名且深諳國際公法問題，且德望崇高，有意接受公斷職務者。當爭端當事國就爭端事項訴諸常設仲裁法院尋求解決時，應選定仲裁員後組成仲裁法庭（arbitral tribunal）解決爭端。仲裁法庭的裁決有其法律上效力，並和一般判決書相同，有裁決主文、理由及個別或反對意見等。
簡單的說，仲裁和司法解決最大不同，是爭端國在仲裁協定中可以規定適用的法律或原則，如果沒有規定適用的法律，則依國際法規定進行爭端的仲裁。裁定結果由仲裁員多數決定。因此，解決國際爭端不外乎有和平解決或採取強制解決手段，諸如談判、斡旋、調停、調查、和解、司法解決等方式，均屬和平解決國際爭端，而仲裁也是國際間常用的和平解決國際爭端手段。
因為中（大陸）菲（菲律賓）南海之領土（領海）糾紛，而由菲律賓在2012年所提出的《南海仲裁案》（註二）中，菲律賓指名所推派指名仲裁員（法官）為德國籍的沃爾夫魯姆，由於中國一直拒絕參與仲裁，之後就由仲裁法庭所指定4名仲裁員中選出了日本籍的柳井俊二（1937～）來擔任仲裁法庭庭長。柳井俊二為前日本駐美大使，在日本政壇是出了名的親美右翼鷹派份子，在美國重返亞太的戰略佈局指導下，這個仲裁結果似乎早就已經注定了。果然判決結果在2016年（民國105年）7月12日下午5時15分出爐，國際常設仲裁法庭（PCA）依據1982年12月10日簽署的《聯合國海洋法公約》（UNCLOS- United Nations Convention on the Law of the Sea）判定，中國大陸延續中華民國時期的南海十一段（開放）國界線（註三）是沒有歷史依據的。
