受到王東年的影響，莫正民部隊一度轉為山東8路軍的外圍武裝力量，同時與國軍還有日軍交鋒。此刻莫正民的正統思想還十分強烈，認為重慶國民政府才是中央政府，只有回歸中央控制的部隊才能得到正常的補給。所以後來他又在1939年投效由高樹勳擔任師長的西北軍第69軍新編第6師，正式回歸國軍體系。
起初在「國共合作」的背景下，王東年還能擔任莫正民獨立第1旅的政治部主任。可是等到國共關係在1939年進一步惡化之後，高樹勳在重慶的壓力下命令將隊伍裡的中共幹部全部「禮送出境」，莫正民也就此失去了與王東年還有共產黨的聯繫。沒想到莫正民的部隊失去了中共指導員後，在戰場上的表現不堪一擊，很快就為日軍所全殲。
被俘虜後的莫正民，愛國心早在替日軍修築了一年的鐵路後被消磨殆盡。他深刻瞭解到想讓自己成為國共都無法漠視的一方之霸，手下就必須要有一支強悍的戰鬥隊伍，而要達到這個目標只能透過與日軍合作。於是莫正民接受了北支那方面軍的建議，返回莒縣組織一支名為剿共自衛團的武裝，投入到與8路軍的清剿之中。
「偽軍」中的雜牌軍
名義上莫正民是汪精衛政權指揮的和平建國軍，可實際上他並不聽從南京國民政府的號令，只接受北支那方面軍的指揮。就算是當「偽軍」，他也只是雜牌軍而不是中央軍，所以還是必須要維持與國軍的聯繫以求後路。所以在擔任剿共自衛團團長的同時，莫正民又接受蘇魯戰區獨立第32支隊的番號，準備等國軍反攻山東時調轉槍口打日本人。
日軍為了防止莫正民全面倒向重慶，默許他擴充自己的剿共自衛團，很快的他就發展出了一支3,500名人槍的武裝力量。莫正民重歸中央政府的熱情到了1943年被徹底澆熄，因為此刻蘇魯戰區的部隊已完全撤出山東，而奉蔣中正之命反攻山東的中央軍陸軍第28集團軍，又在日軍與8路軍的夾擊下被打回安徽。
李仙洲部隊的失敗，讓莫正民相信重慶中央政府的勢力已被徹底從華北排除出去，轉而在8路軍與日軍之間左右搖擺。中共山東軍區偽軍工作團團長谷鳳鳴開始頻繁與莫正民接觸，遊說他繼續留在日軍陣營以掩護8路軍的地下工作，等到適當時機再「起義」。莫正民的莒縣保安團大隊表面上仍配合日軍掃蕩8路軍，但絕大多數只是應付應付而已了。
1949年隨軍來台，抗戰時生活在莒縣的老前輩于允剛先生還記得，小時候他們讀書都有日語相關課程。可是到了戰爭末期，學校對日本人的要求也只是應付一下，莫正民根本不會強迫他們進行日語教育。而且到了戰爭末期，日本從爭取中華民族主義共同抵抗英美聯軍的考慮出發，對汪精衛政權採取更為禮遇的政策，就連青天白日滿地紅的國旗都回到了莒縣。
