雖然是從外國嫁過來，但瑪麗．安東妮對法國的政治、外交、經濟與政府人事參與頗深，也經常利用自己的影響力讓「娘家」奧地利受惠。此外，她的奢侈的生活方式也是眾所皆知，革命爆發之後，這些都成為她的罪狀。1791年6月20日，瑪麗．安東妮與路易十六全家化裝成平民，乘馬車出逃，行蹤曝光後被押回巴黎軟禁，最後的噩運開始降臨。
1792年8月，瑪麗．安東妮與路易十六全家遭到逮捕，同年9月君主制被廢除。1793年1月15日，路易十六被國民公會（Convention nationale）判處死刑，21日被送上斷頭台。瑪麗．安東妮與一兒一女繼續被囚，在悲傷絕望中飽受凌辱。
1793年10月14日，瑪麗．安東妮自己被送上法庭，2天之後，她的3項罪名──耗竭國家財物、危害國家安全、叛國──全都成立，死刑定讞。10月16日清晨，瑪麗．安東妮被迫在獄卒前面換衣服，換上遺孀穿的白色服裝。她的頭髮被剪光，雙手被緊緊反綁，讓獄卒用一條繩子牽著。
瑪麗．安東妮被牽上囚車，駛向今日巴黎的協和廣場（Place de la Concorde），路程約1個小時，囚車沒遮沒擋，她一路飽受巴黎市民的譏嘲侮辱，但她始終保持鎮定，一言不發。16日中午12時15分，瑪麗．安東妮在斷頭台被斬首處決。
斷頭台上，臨刑之前，瑪麗．安東妮不小心踩到劊子手的鞋子，於是說道：「對不起，先生，我不是故意的。」（Pardonnez-moi, monsieur. Je ne l’ai pas fait exprès.）這就是她37年人生的最後話語。
