根據證交所公開資訊，檯面上的大型企業，包括永豐餘旗下的信誼基金會（持有永豐餘5.66%）、欣陸控股（大陸工程）的浩然基金會（持股10.63%）、士林紙業的萬海航運社福基金會（持股6.98%）、東南水泥的福康文教基金會（持股6.79%）、陳趙樹公益慈善基金會(持股5.84%)，未來都將被迫賣股票。上述受影響之企業，多半為歷史較為悠久之企業。
政府捐贈的公辦財團法人也受害！
受到《財團法人法》衝擊的，並不限於民間財團法人，政府捐贈之財團法人，未來同樣也會受到衝擊。以交通部下轄的中華航空事業發展基金會（航發會）為例，航發會目前持有華航股權比率高達34.13%，持有台灣高鐵股權比率達4.62%，未來在《財團法人法》上路後，該如何解套頗令人關切；其他可能受到影響的公辦財團法人，還包括國防工業發展基金會，目前除了持有漢翔1.17%股權之外，還有持有其他軍方轉投資之事業，未來如何因應5%持股上限，也令人好奇。
另外，像財團法人中技社轉投資之中鼎工程，在《財團法人法》上路後，不僅中技社是否符合「公辦財團法人」之定義，經濟部方面迄今沒有明確表態，中技社持有中鼎工程7.97%，未來恐怕也得降到5%。
律師批：國家可「溯及既往」迫財團法人賣股票？
理律律師事務所律師劉昌坪日前在《風傳媒》投書指出，《財團法人法》上路後，財團法人持有單一公司逾5%部分，必須於該施行後1年內補正，情形特殊者，雖可報經主管機關核准延長補正期間，但屆期未完成補正者，主管機關即可廢止財團法人的設立許可。由於許多財團法人在早年低利率環境下，必須依賴穩健且正派經營的公司股票相關收入，才能支應人事成本及舉辦活動的費用，「新法實施後，許多財團法人的財務都會受到極大的衝擊和影響。」
劉昌坪批評，《財團法人法》除了極少數的例外情形，包括第19條「財團法人控股條款」在內，明年上路後，都會發生「無限期溯及既往」的法律規制效力，當初在立法理由中，毫不區分股票是否屬於公開發行上市櫃，在此之前，相關部會原本規定之比率，有些訂在2分之1、3分之1，未來驟降為「5%」，光是在執行面上就會衍生出許多的問題。
