入關之後，清室還面臨諸多戰事，宮中一切經費開銷，力求從簡。順治七年（1650年）規定，內庫錢糧，全部由戶部管理，內廷所用物品如皮類、絲綢、茶葉、紙張等，也由戶部管理。
康熙帝重設內務府之後，內務府的開銷主要依賴戶部撥款。康熙帝收復臺灣，平定三藩後，社會局勢穩定，經濟蒸蒸日上，內務府也開始獲得各種收入。除了戶部撥款外，藉由皇莊、貂皮、人參等，內務府也可獲得收入。此外，內務府還從事房屋租賃、開設當鋪等商業活動，獲得收入。總體而言，乾隆朝之前，內務府經費經常入不敷出， 「時檄取戶部庫銀以為接濟」。
乾隆一朝，內務府的財政狀況改善，一方面是原有的皇莊、當鋪收入激增；另一方面則是兩淮鹽課、粵海關收入的保障。御膳房的開銷，最初由光祿寺向戶部領取，存在光祿寺庫中。隨著皇室經費的充沛，乾隆朝時，御膳房開始從內務府廣儲司領錢。內務府經費如有不足，再由戶部直接撥款。
在內務府所轄機構中，皇莊承擔著供給宮中所需各種物資的使命，其中就包括了大量的食材。在大清入關之前的一系列戰事中，已搶掠了大量漢人，編為包衣，在關外從事耕種放牧等活計（按：過去專指手藝或縫紉、刺繡等，現在泛指各種體力勞動）。入關之後，清皇室也占有大量土地，設置糧莊，這些包衣也被帶到各地官莊上勞作，稱為「盛京隨來陳壯丁」。順治初年，京畿一帶有大量人口投充（按：強迫漢族農民投身旗人名下從事生產）皇莊，也被編入其中，稱為「投充壯丁」。此後清廷陸續在長城口外、山海關外錦州地區設置了一批糧莊。
清代的皇莊，散布在畿輔地區（按：京城附近的地區）與東北地區。東北地區皇莊，主要有盛京內務府所屬盛京皇莊、錦州糧莊衙門所屬錦州皇莊、打牲烏拉衙門所屬吉林皇莊等。據《皇朝通考》，順治元年（1644年），設近畿官莊一百三十二所， 「不立莊者仍其戶計二百八十五戶，分隸內務府鑲黃、正黃、正白三旗」。
盛京內務府的作用
乾隆十七年（1752年）正月，設盛京總管內務府大臣。之所以設置盛京內務府，主要是盛京包衣三旗佐領各官，各自為政，無統一管領，遇事則互相推諉。盛京內務府設立後，由盛京將軍兼任總管大臣。盛京將軍兼任盛京內務府總管大臣，提高了盛京內務府的地位，也利於內部事務的處理及與京城內務府的溝通。
盛京內務府下的主要機構有會計司、掌禮司、都虞司、營造司等。會計司執掌莊園地畝、戶口、徭役，負責每年徵糧、家禽、蔬菜等，年終時核銷出納總數；掌儀司負責管理皇莊果園，查核具題每年徵賦。每年皇莊的收支情況，盛京內務府要詳細造冊，送呈京城內務府。稍有遲延，總管內務府就要行文催問，如果帳目中有錯，則要受懲處。
