談人生轉折∣追求中華民族的偉大復興
不過，林毅夫至今仍因叛逃而被中華民國通緝中。一二年林毅夫表達返台掃墓意願時，當時擔任國防部長的高華柱說，林毅夫是《陸海空軍刑法》「投敵罪」的繼續犯，若大法官對有關法律有不同解釋，他就會離職，「我在的一天，這件事情就會堅持，我為政策負責。」至於後來與高華柱是否有連繫？林毅夫只笑著說：「心有靈犀吧！」
至於另一個當年同樣是台大學生轉陸軍官校的陳憲良，曾抱怨被軍方暗中列為「重點考管人員」，升遷受影響。林毅夫則回應說：「陳憲良是不是受到我影響？是不是真這樣子？如果真的是這樣子，我抱歉──但是他也到美國去了……。」
從一個反對「共匪」參與聯合國的學生領袖轉讀軍校，再奔赴「匪區」，這個變化實在太大了。林毅夫回頭看自己的轉變說：「這個轉變背後就是要讓中國強起來，要讓中國被人家尊重。」他說，參加學生運動後，發現中國沒有受到尊重，「人為刀俎、我為魚肉，沒有軍事力量怎麼強起來？毛澤東說槍桿子出政權，所以當兵去了。」而在當兵四年，他說自己讀比較多歷史而受影響，最後決定游到對岸，「變化比較大，但追求的是一樣。」
林毅夫決定行動的時機，就在中共十一屆三中全會宣布改革開放政策的五個月後，也是中美正式建交的四個月後。他的行動有沒有受到這些歷史事件影響？「追求中華民族的偉大復興，咱讀冊時就按呢講。」他轉個彎、混雜著普通話和台語回答說：「追求中國的偉大復興，只有在中國大陸才有可能。」
談經濟專業∣相信市場，也相信政府
離開台灣一年後，林毅夫曾寫信給在東京的表哥，信中提到「國民黨對我只是利用，而不是真正的培養；現在這邊則是真正重視我，培養我。」他這次接受訪問時解釋說：「台灣老是拿我當宣傳，但名跟實之間總是會有差距。我覺得最重要的是，能不能按照我自己想的，讓自己能成長，能對社會做貢獻。大陸對我的發展很尊重。」
至於選念經濟，一方面是因為在台灣讀過管理碩士，看了很多歷史書，來到中國大陸，「想來這個地方做貢獻，就要對這個體制有瞭解，所以要念社會主義經濟制度。」之後因為芝加哥大學著名經濟學教授、諾貝爾獎得主舒茲（Theodore Schultz）到北大演講時，他擔任翻譯，這個因緣讓舒茲幫忙他申請到芝加哥大學獎學金赴美。
芝加哥大學經濟系是以捍衛自由市場、反對凱恩斯式的政府干預聞名，被稱為「芝加哥學派」。不過，諾貝爾經濟學獎得主史蒂格里茲（Joseph Stiglitz）接受《紐約客》（The New Yorker）訪問時曾這樣形容林毅夫：「他是把市場經濟學帶到中國的人之一。」「他特殊之處在於，他是芝加哥訓練出來的經濟學者，但他不相信芝加哥經濟學，或者說至少不相信最天真的版本。」
