2016年10月13日，立法院審查司法院院長被提名人許宗力同意案，當許宗力教授被問及兩岸關係定位時，他回答「是『特殊國與國關係』，從沒用過『兩國論』三個字，只是說兩岸之間很類似過去西德與東德間的關係。」對於許宗力指兩岸是「特殊國與國關係」，中國國臺辦發言人安峰山10月26日聲稱，「臺灣是中國神聖領土不可分割的一部分，從來就不是一個國家。」
對此，陸委會副主任邱垂正回應「中華民國是主權國家，擁有自己的憲法，由人民選出國家領導人，並與22個國家建立邦交，這是客觀存在的事實。中國大陸片面的說法不會改變中華民國主權國家的事實。」其實，許宗力的意見就是1999年7月李登輝總統提出的「特殊的國與國關係論」。那麼，李登輝的這一主張是怎麼來的呢？
事實上，兩蔣一貫堅持中華民國是主權獨立的國家。1971年夏秋，為了確保中華民國留在聯合國，蔣介石默認中華人民共和國取得安理會席位，接受了美國讓兩個中國都加入聯合國的「雙重代表權」方案。
1978年12月29日，中華民國與美國談判雙方斷交後的關係安排時，蔣經國重申了中華民國的主權獨立：
「中華民國自1912年建國以來，一直是一個獨立之主權國家，中華民國是中國文化與中國歷史唯一真正的代表。中華民國政府是依據中華民國憲法所產生的合法政府。中華民國的存在一向是一個國際的事實。中華民國的國際地位及國際人格，不因任何國家承認中共偽政權而有所變更。美國應當繼續承認並尊重中華民國的法律地位和國際人格。」
由此可見，蔣經國不再同中共爭論誰才是中國的唯一合法政府，轉而強調中華民國是一個主權獨立的國家，其存在是一個國際法事實，進而推之，中華民國的國際法人格，不因美國或任何其它國家終止外交承認而有所變更。
李登輝主政初期，他放棄蔣經國的「不接觸，不談判，不妥協」的三不政策，繼續推動蔣經國晚年以「對等地位」為原則的兩岸交流。為了展現善意，李登輝承認中華人民共和國政府在大陸的治權。不過為了與中國所定義的「一個中國」原則和「一國兩制」政策有所區隔，並強調自身的立場與原則，李登輝政府陸續提出「一國兩區」（1990年），「一個中國，兩個對等政治實體」（1991年），「一個中國指向的階段性兩個中國政策」（1993年），「一個分治中國」（1997年）與「特殊的國與國關係」（1999年）等主張。所有這些主張都強調「一個中國」是過去式和未來式，但不是「現在式」; 這些主張在堅持中華民國主權獨立基礎上，強調兩岸關係的「對等性」。
