檢察組織的體制變革是司改國是會議第3組的重點，作為檢察事務體系龍頭的最高檢察署檢察長顏大和卻在討論中「被缺席」，法務部長邱太三沒有推薦顏大和擔任國是會議委員，而據瞭解，待退的顏大和曾表達願意與會報告他的改革建言，卻有法務部及檢察官試圖阻擋這樣的安排，最後因時間因素不了了之。
攸關檢察官定位與檢察組織檢討的議題在4月26日、5月10日已討論完畢，提出多項改革建議的高等法院法官林孟皇在3月8日的會中指出，檢察總長的任命經國會同意，民主正當性比作為檢察行政事務體系首長的法務部長高，他希望討論到相關議題時能邀顏大和與會，當時會中沒有異議。
顏大和缺席司改國是會議 原因令人費解
顏大和也是檢察官協會理事長，全國約1300名檢察官中有約400名資深檢察官是該協會成員，顏卻沒有機會在國是會議發言，原因令人費解。
國是會議委員說，反對顏大和列席的人以顏列席可能成為阻礙改革的阻力為由，但他認為，這個說法「真真假假、有虛有實」，主要原因應該是顏可能會讓檢察體系的內部矛盾檯面化，「他們背後有很多複雜的思考」，以至於多數時候著眼的不是如何為國家建立更完善的檢察體系，而是「有很多的權謀算計」。
法務部長與檢察總長在現行體制下的權責不明，是林孟皇等主張改革檢察體系者推動的重點之一。林孟皇在提供給國是會議的簡報中舉例，前檢察總長陳聰明在2008年因涉及不當飲宴而被要求迴避特偵組偵辦前總統陳水扁的洗錢案，但陳聰明拒絕，當時的法務部長王清峰說她也無可奈何；另外，2013年立法院討論廢除特偵組的議題時，曾邀依法有備詢義務的前檢察總長黃世銘列席，黃請假不願列席，當時的法務部長羅瑩雪也說，她無法強迫黃。
改革檢察總長選任方式 邱太三反對部長圈選總長
林孟皇提案改革檢察總長的選任方式，是為解決法務部長、行政院長對總長人選完全無置喙餘地，有違權責相符用則、違憲的問題。對這個提案，邱太三一反先前討論檢察長選任時，他明顯反對釋出部長權力的態度，說他不希望有圈選檢察總長的權力。邱雖認為現行總長的任命讓總長「欠總統情」，卻也沒有說這個問題應該如何解決，對於這個他認為有問題的制度，沒有任何改革建議。
邱的態度讓成大法律系教授李佳玟用邱後來解釋是「自我調侃的場面話」來批評他，李說在開會過程充分感受到邱的「耍賴功力」；而邱也不滿李的批評，在5月10日的會中指李不應抹黑他的人格，對他人身攻擊。李事後則再批邱，指他只願對主任檢察官的人事鬆手，當主任檢察官仍受制於檢察長，「這樣的改革有什麼意義」？李說，邱只想維持既有的權力，而不想建立權責相符的檢察體系。
