經過激烈辯論，司法改革國是會議第3組10日決議，要求法務部檢討檢察官不經法院就可行使的強制處分權，包括限制人身自由、對被告或第3人進行私密部位外觀的檢查及侵入性的身體檢查。主席瞿海源加入表決才讓這項決議通過，在其他檢察體系改革方案投票時，即便不支持也通常不舉手反對的法務部長邱太三、法務部參事陳瑞仁、及檢察官林達，這回則都投下反對票，明確表態。
檢察官限制人身自由 是否符合法官保留原則
這項決議的內容是，《刑事訴訟法》就檢察官於偵查中之限制人身自由、對於被告或第3人之私密部位外觀的檢查及侵入性的身體檢查等強制處分，是否符合法官保留原則，應重新檢討並修法解決。法律保留原則指的是，國家侵害人民基本權的行為都應有法律的明文規定，明定於《憲法》第8、23條。
高等法院法官林孟皇在提案中指出，《刑事訴訟法》賦予檢察官的部分強制處分權「忽略法官保留原則，過度擴張檢察官的決定權限」，應檢討並修法。
成大法律系李佳玟的提案主張：一、檢察官一般拘提、限制出境的權限應予刪除，只能在緊急時行使、二、檢察官必須向法官聲請鑑定許可書，才能對被告或第3人進行侵入性的身體檢查、三、針對檢察官的急迫強制處分，建立事後審查制度。
檢察官羈押權限 1995年被宣告違憲
檢察官過去不需向法院聲請即可羈押被告的權限在1995年被宣告違憲後，包括搜索、監聽等權限也陸續回歸法院，目前檢察官尚有傳喚、拘提、通緝、具保、責付、限制住居、檢查身體、鑑定許可等強制處分權。
林孟皇指出，檢察官的強制處分權應予限縮，以限制出境的處分為例，檢察官可能因為犯罪嫌疑人沒有住在居住所，就直接發函限制出境，檢察官可以有緊急強制處分權，事後再向法院核備，但「不應在這麼自由、沒有任何限制的情況下」，就有權力可以限制人民的人身自由或其他的權利。
「不能球員兼裁判，也不能未審先判」
律師尤伯祥指出，令狀原則（偵查機關的偵查行為必須事先得到法官的准許）是所有憲政法治國家必須遵守的基本原則，「不能球員兼裁判，也不能未審先判」，拘提、限制出境等對人身自由有重大侵犯的強制處分權的行使，也必須經過法院的審理，不能由檢察官個人主觀的想法決定。
尤伯祥也說，他在偵查庭看過檢察官要求被告脫褲子，讓法警檢查生殖器特徵，這涉及最基本的人性尊嚴，「不需法官許可嗎？我個人是真的非常懷疑」，他也看過處理通姦案的檢察官用各種方式要被告交出DNA，如果不是有律師在場，被告就會被迫交出毛髮，「檢察官不會濫權嗎？有權必濫，人性就是這樣子」。
