因為論文風波表明不再續任的台大校長楊泮池四日主持他任內最後一次畢業典禮，他期勉同學「公益為先自我為後」，努力讓自己成為通人文有品德的人。看來他已經擺脫論文風暴時的陰影，受訪時直言心情輕鬆；對於論文造假他重提「制度論」，說明台大已經成立學術倫理辦公室，規畫相關課程，讓師生未來有能力「自我檢測」。說了半天，他還是迴避了他個人的「自我檢測」。
止住風波之後再出面的楊泮池，大概還是搞不清楚這件事對台大、對台灣高等教育的傷害到底有多大？而且，他顯然也沒有意識到，傷害可能才剛剛開始而已。
最近教育部推出「高等教育深耕計畫」，決定改變以往「邁向頂尖大學」的經費分配方式，改為「多元特色發展」的分配模式。這兩種經費分配的差別，簡單地說就是：以後，鼓勵台成清交等研究型大學「拔尖」將不再是重點；技職、教育、人文學科為主的其他類型大學，將可以在多元特色的名目之下，取得更多的經費。由於國家整體經費是固定的，因此分配邏輯的改變，當然就表示台成清交經費的大幅減少。
郭明良論文案 摧毀「拔尖」正當性
討論高教經費分配的邏輯，要回到2006年，也是「五年五百億」計畫源起之時。該計畫的推動者是當時的中央研究院院長李遠哲，而他的論述重點著眼於：如何在數年之內培育出一至兩所世界頂尖大學，其「菁英」取向非常明顯。後來，在實際審議過程中，由於各大學動員了不同「門派」的院士、校友、官員、輿論，最後核定第一批「邁向頂尖大學」的受補助對象，還是包括了12所大學，並不僅止於少數頂大。但是無論如何，在五年五百億第一年的100億中，台灣大學獨得30億、成大將近17億，仍充分反映出原計畫邏輯中的菁英取向。
從2006年接下來的九年之中，五年五百億的計畫經歷了政黨輪替、計畫名稱改變、內容微調，但是大方向還是與「拔尖」一致，而台成清交的優勢地位也還是繼續維持，頂多只有少數學校利用執政權力為特定大學多爭取了一些。雖然人文、師範、技職、私校過去十年多所爭取，但是畢竟決定經費分配的學術界勢力並沒有改變，經費分配的結果也就不易改變。
2013年全台發生「教授假發票」風波，凸顯出若干科研經費的使用流弊。但是風暴並非「頂尖大學」所獨有，而是遍及南南北北數十所大學，弊端凸顯了經費報支規定的普遍僵硬，而非跨校之間的經費資源分配不公。2015年吳思華任教育部長，適逢第二期頂尖大學計畫即將到期，他由於來自政大，遂提出「多元特色」的方向改變之議。當時的台大校長楊泮池就透過副校長陳良基，不斷向教育部表示異議。在2016年總統、立委改朝換代確定之後，民進黨明白提出「看守內閣不應大幅更動高教分配原則」之議，吳思華才不得不退讓。
