自由時報評論李明哲案，斗大的頭條標題宣稱：『打破馬政府掮客模式』，內文裡則強調：『雖然李明哲還未救出，但該案迫使中方必須與台灣政府進行聯繫，也打破過去馬政府時代慣用的「掮客模式」。』這些都是誤導讀者的不實文字。馬英九總統執政時，法輪功成員鍾鼎邦先生在大陸被拘禁，當時我方政府就是透過兩岸政府間的聯繫機制處理的，成功地讓鍾先生返回臺灣。現在，李明哲前途仍未明，不知何時得以自由返台，事情還未成功，自由時報就誇口『打破馬政府模式』。
鍾鼎邦是在2012年6月18日在江西贛州遭當地國安機關拘禁，隔天中午鍾先生在大陸的親屬接獲通知，被安排與鍾先生碰面，當晚鍾先生並與他的太太以電話聯繫。也就在這天鍾先生家屬向海基會陳情，要求援救，海基會立即著手聯繫對岸，我政府相關機關等不及正式發文，即時透過簡訊與電話便展開了與對岸政府機關的聯繫。此後的一段日子裡，與大陸相關單位聯繫處理鍾案的至少就有三個單位或機關：陸委會、法務部與海基會。
海基會是接受政府委託與授權，直接與中國大陸就涉及公權力行使的事宜進行聯繫與協商的單位，當然是處理鍾案的主體；法務部是依照海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議，作為司法互助的聯繫主體；而陸委會也介入，則是因為從2008年5月兩岸恢復制度化協商之後，在臺灣海基會與大陸海協會架構的協商平台上陸委會官員與國臺辦官員經常性碰面，形成了『工作階層』的聯繫管道，再加上當時的賴幸媛主委認為兩岸事務繁雜，也常有擦槍走火的事件發生，陸委會與國臺辦應該建立起直接聯繫的管道。賴主委的提議在當時的時空下，大膽而前進，但也獲得國臺辦王毅主任的積極回應，因此兩個政府單位就直接對口聯繫起來，隨著訊息往來頻率的增加，這個管道不但用來傳達訊息，也逐漸成為雙方解決疑難雜症與突發事件的機制。鍾案發生，陸委會當然就介入協處。
此後一段時日，我方政府機關與海基會持續與對岸密切溝通、公開要求陸方『必須正視並嚴肅面對，尊重人民對於思想、言論自由與基本人權的普世價值，踐行正當法律程序。』法務部也指責對岸沒有依照〈共同打擊犯罪及司法互助協議〉即時通報法務部。我方同仁在聯繫處理的過程中可以感受到對方對這個事情沒有掉以輕心，逐步看到對方著力的結果，包括陸方於7月5日同意鍾先生在台的家屬赴陸探視，11日進一步同意並安排家屬聘請之大陸律師會見當事人等。但中國大陸有其複雜的內部政治生態，國臺辦作為大陸在兩岸關係上的『牽頭』機關，協調處理的確要花了不少時間與力氣。
