中國政府強調全國人大對法律擁有解釋權，包括解釋香港《基本法》，香港民主派法律界人士則認為「釋法」衝擊香港司法獨立。
居港權爭議並未就此結束，之後更引申出造成兩人死亡的入境處大樓縱火案，外籍家庭傭工及其子女居留權爭議，與2001年莊豐源案終審裁決。
其中，莊豐源案確立父母皆非香港居民的中國大陸居民在香港所生子女為香港永久性居民，為日後大陸居民赴港產子引發「雙非兒童」問題埋下伏線。
3. SARS來襲，「23條」與「七一」遊行
2003年2月21日，廣州中山大學附屬第二醫院的退休教授劉劍倫來港探親，入住酒店不久後出現肺炎症狀入院，最終不治。後來的流行病學調查認定這就是不明原因肺炎疫情在香港爆發的源頭。
當年3月15日，聯合國世界衛生組織正式將病毒命名為「嚴重急性呼吸道綜合症」（SARS），中文簡稱計有SARS、沙士、非典等。直到6月23日世衛組織將香港從疫區名單中除名為止，香港共有1755人感染SARS，其中299人死亡，包括八名殉職醫療人員。
SARS疫情讓剛從亞洲金融風暴恢復的香港經濟再次遭受重挫，特區政府應對疫情速度受輿論質疑。而在應對疫情之際，特區政府還忙於推動另一項工作：《基本法》第23條國安立法。
立法草案中的「叛國罪」、「顛覆罪」、「分裂國家罪」和「煽動叛亂罪」等，以及警察獲得無須法庭搜查令即可執行搜查等權力，引起親民主派政團與支持者擔憂基本人權與自由遭到削弱。
在眾多不安下，以民間人權陣線為首的泛民主派號召市民於7月1日上街抗議，最終香港島北部鬧市街道，從維多利亞公園起點，到中環政府總部，在那一個酷熱的下午填滿了身穿黑衣的抗議群眾，叫喊著反對「23條立法」與董建華和多名官員的口號。
主辦單位稱有超過50萬人上街，成為1989年聲援北京學運之後，以及1997年主權移交以來，香港最大規模的遊行。
董建華政府最終撤回《國家安全（立法條文）條例草案》，主持立法工作的保安局局長葉劉淑儀，與主持抗疫工作的衛生福利及食物局局長楊永強相繼辭職，董建華也在2005年3月辭職，沒能完成第二個五年任期。
自此，七一遊行成為了香港民主派政治寒暑表的重要組成部分，也跟「23條立法」一起，成為日後香港與北京關係的一道伏線。
另一邊廂，受衛福食局領導的衛生署署長陳馮富珍在應付過禽流感與SARS疫情之後，獲邀到日內瓦擔任世衛組織助理總幹事，2007年獲北京提名並當選總幹事，成為首位出自香港的聯合國高官。
