隨著社會進步，教科書制度也逐步演變。政府從2002年全面實施教科書審定制度至今已二十年，雖然審定制比起過去的國定制（或稱統編制）在教科書內容有更多元的觀點。但教科書制度在這二十年的歷程中，仍存有許多制度上的問題。
以現行教科書審定制度來說，所謂的「審定」就是把教科書交由國家公權力來審查，以確保品質。不過，從教科書的編寫、審查到使用，相關的參與者，包括出版業者、審查單位，以及選用教科書的學校教師，甚至是社會大眾，都會影響教科書內容的方向。從書籍選用與市場機制來說，目前有哪些問題尚待解決？我們以教科書編輯及審定兩大部分來看：
一、教科書的編輯問題
依照教科書審定制規定，教科書必須審核通過後才能印製；同樣教科書編輯也需要充裕的時間編寫及專業能力的培訓。在時間限制及教師選書的壓力下，能給予出版業者多少編輯時間，較無明確的訂定與規劃。
也因此有研究指出，教科書審核四本中就有一本需要重新編寫，這中間造成的原因很多，使得有意願做教科書的廠商只有那兩、三間；在教科書選擇性不多的情況下，教師即使選用了教科書也不見得照著課本教。加上教科書定價受到聯合議價的限制，使出版商在經營上要有相對的收益是較為困難，這也會影響教科書的內容製作、研發教材等難以發揮。
二、教科書的審定問題
出版商在編輯設計教科書時，有些內容與審定委員的審查意見有出入時，出版商為了能儘速通過可能就依照意見修改。這樣會造成什麼影響？出版商成了被動的角色，較不利於教科書編審雙方的溝通。況且審定委員會的組成問題，並無公開透明的機制，委員如何選出、是不是少數人把持、是否具有公信力等等，常會受到各界的質疑。
審核通過後的教科書就沒有問題嗎？雖然教科書審定有一定的品質把關機制，若遇到具有爭議的議題時，例如之前對文言文與白話文在內容比重問題、中國歷史所占的篇幅要多少等，若與社會大眾認為的方向有落差時，往往會被質疑審核通過的標準在哪裡，反而成了各界質疑或撻伐的因素。
上述的問題只是冰山一角，但這些基本的問題卻是這二十年來一直無法有效解決，那就表示這個制度必須調整改進！因此，有些學者呼籲教科書朝向「認可制」是比較可行的做法。「認可制」顧名思義就是透過一定的認定程序，成為公認具有一定品質的制度。而這些程序就像大學評鑑制度一樣，不僅有外部評鑑，在外部評鑑認可通過前，還需要先有自我評鑑的審視。
但是，認可制就比較好嗎？當一個制度出現問題時不先徹底檢討，瞭解問題到底出在哪裡，反而重啟一個新的制度，以為有了新面貌，但問題依然存在。當初推行審定制想效法日本，日本教科書審定委員的聘任是專職，反觀我們則是兼任性質；日本的教科書審核有極少數是不通過，臺灣不通過率卻極高。光是這兩點，二十年來的老問題至今還是沒變，改成「認可制」就有辦法改善嗎？
