他與李登輝總統之間其實早有默契，就是如果他當行政院長，「教改會」的決議自然而然能透過「教改推動委員會」執行。君不見，他自1995年10月開始與執行秘書曾憲政一起到各縣市，共舉辦二十四場「教育改革巡迴開講」（所謂「教改下鄉」），著眼就在「養望」。之前他的論調則是：「我們都是見過世面的人，只要有資料放在面前，就會作出正確的判斷。」換言之，並沒有必要下鄉！
1996年春，曾憲政曾經打電話給劉源俊等人，徵詢對李遠哲擔任行政院長的意見。而當時的交通部長劉兆玄因高鐵問題受立委質詢，氣得曾想辭官，卻當即接到李遠哲從美國打來的電話，請他稍安勿躁。李先生，您應該還記得那通電話吧？
李遠哲這時未當上行政院長，絕不是因為「我是做科學工作的」，關鍵在於當時行政院長的任命須得到立法院半數以上的同意；立法院裡國民黨的委員占多數，而他不願加入國民黨！李登輝情非得已，只好暫請連戰副總統仍兼行政院長，同時費九牛二虎之力，於1997年的6、7月間的第三屆國民大會第二次會議裡，推動修憲通過了廢除「閣揆同意權」。這時，「教改會」已結束半年多，「教改推動小組」即將成立；李登輝於是請李遠哲到家中，還邀張榮發、蕭萬長等五、六人作陪，一同再遊說他接行政院院長，不想他卻托辭拒絕。李登輝是對李遠哲的反覆極不諒解，才與他決裂；哪裡是「啊！驚某，無路用啦！」那麼簡單？而李遠哲把1996年與1997年的兩樁事硬扯在一起，更是在混淆視聽！
且再回顧他在2000年3月18日總統大選前的表現：他先於3月5日發表〈跨越斷層——掌握臺灣未來關鍵的五年〉演說（「臺灣正走在往上提升或向下沉淪的抉擇點上。」那句名言就出於其中），內容包括了學術研究、教育改革、企業發展、兩岸關係與環境保護等種種面向，都屬行政院的權責。接著他開始主導成立總統競選人陳水扁的「國政顧問團」，再於14日宣布「決定辭去中央研究院院長的職位」。他真「不願意當行政院長」？司馬昭之心，路人皆知！
孰料在3月29日的國政顧問團第二次會議裡，他竟推薦了與自己毫不搭界的唐飛擔任行政院長；翌日說是「想通了」，銷假回中研院繼續擔任院長。這期間到底發生了什麼事？原來興沖沖的李遠哲未曾料到，美國支持的閣揆竟是出身空軍、以思想開放與西化著稱的國防部長；而他則因著眼拓展中研院，反對在南港設飛彈基地，不獲青睞。
教育者，百年樹人之業也；學術者，千年立國之基也；教育改革者，一時興廢之政治也。教育需要與時俱進，但須有高明的政治運作引導；從事教育改革，就要認識它是政治而勇於承擔。然若從事教育與學術，則必須超然於政治之外，才能立功立言。李遠哲想藉諾貝爾之光環而兼領教育、學術與政治，《道德經》說得明白：「企者不立，跨者不行。」又何況想領導教育、學術、政治中之任何其一，都須「言顧行，行顧言」；言行率爾，滋生訾議乃是必然。
《中庸》曰：「不誠無物，是故君子誠之為貴。」李遠哲先生，您若不諉過卸責，坦誠以對國人，才可望得到社會的肯定，甚或原宥所曾犯下的錯誤。
＊作者為諄筆群主筆
