一九三七年六月，嶺南校董會以鍾氏年高，准予退休，改聘為嶺南大學名譽校長，另聘李應林為校長。「七‧七」盧溝橋事變爆發，他應國府專邀參加廬山談話會，會後留在牯嶺東谷休養，完成回憶錄（此稿其後失落）。翌年，國民參政會成立，他被任為參政員，翊輔中央全面抗戰總動員大計。嶺南大學於廣州淪陷後，於一九三八年十二月借香港大學復課。一九四０年，抱病偕夫人遷居香港，賃居跑馬地藍塘道。一九四一年九月七日下午七時，留港嶺南校友假「香港大酒店」為他舉行七十七歲誕辰祝壽會，出席者數百人，由郭琳弼任主席，校董會主席孫科、校長李應林、學生代表李毓宏分別發表演說，會上宣告正式成立「嶺南大學百萬基金籌募委員會」，公推鍾榮光擔任籌募委員會主席。籌款運動期以本地三個月、海外九個月，準期結束。不意十二月八日「太平洋戰事」起，十四日日軍開始進攻港島，一時砲聲隆隆，引致病勢加劇，十六日，口授遺囑，猶以校事殷殷為念，對於未成立神學院，未充分發展醫學院及未建成附中新校舍，引為憾事。二十四日香港淪陷，日寇以鍾榮光與國民政府有密切關係，於二十六日闖入藍塘道鍾宅喝訊，他突遭此種侮辱，心神大受刺激，以致病情惡化，一九四二年元旦後就醫於跑馬地養和醫院，延至一月七日，溘然長逝。而鍾夫人則活到一九五二年。她一生相夫辦學，同受全體同學校友所愛戴，並為校外諸友人所一致推許，她雖然沒有生育，但秉夫志，視學生男女如親生兒女，愛護備至。旅美華人陳之昭回憶道，「我們都親切地稱呼她為鍾師母。她彈得一手好鋼琴，我們一羣孩子常去他們家串門。鍾師母美妙的琴聲經常使我們陶醉。」
鍾榮光曾說：「我有四十餘年的日記，足為他年就木後有志者撰作我生傳時之充足第一手資料。」但可惜的是這些日記連同其他手稿，在日軍陷廣州時，全部毀於戰火。在他年逾七十時，曾預撰一自輓聯，夫子自道，可概見其平生與志事，聯云：
三十年科舉沉迷，自從知罪悔改以來，革過命，無黨勳，做過官，無政績，留過學，無文憑，才力總後人，唯一事功，盡瘁嶺南至死；兩半球舟車習慣，但以任務完成為樂，不私財，有日用，不養子，有徒眾，不求名，有記述，靈魂乃真我，幾多磨煉，榮歸基督永生。
聯中說：「兩半球舟車習慣，但以任務完成為樂」，是指他為嶺南大學的籌款勸捐，當時被稱為國中第一能手。連早期嶺南的代理監督葛理佩，在其上紐約基金會報告書中，都對他籌款勸捐的能力，極度讚嘆曰：「他神通廣大，能將土丘化為泰嶽！」而鍾榮光向人募捐，絕非如同乞丐之哀求，而是抱著理直氣壯的態度。他常說：「辦學育才，為國家民族造福，目標正大，我持此向人捐款，乃對他賞臉，他不自賞其臉，於我地位無干。故有錢而不肯出錢，心虧面赧而自餒者，乃是他而不是我。」他曾數次到南北美洲華僑間募款，雖窮鄉僻壤之餐館，洗衣館，農園菜市，奔走殆遍。各地僑胞每招手笑相迎：「鍾先生，你又來了！」即開箱樂出其辛勤血汗之所蓄以奉酬，鍾榮光則以溫語慰藉，告以遠景，謂嶺南大學特重僑生教育，即是為僑胞造福前途。嶺南大學除附設華僑學校外，所附屬之小學，多收各地華僑之兒童，宿舍各層皆有保姆，夜半巡視，蓋被舃枕，一若兒女親生，故遠方僑眷送稚幼來就學如歸家。嶺南大學又遠至南洋開辦中學及附小，尤以香港及上海最著名，香港至今有嶺南鍾榮光博士紀念中學。
