公投門檻下修後，提案數量激增，去年九合一公投綁大選就有10張公投票，且過程弊病叢生，引發爭議。為此，朝野立委都提案修法，欲杜絕亂象，包括明定提案人及連署人名冊須檢附身分證影本以防「死人連署」、違憲事項不得公投、拉長公投成案公告期，以利社會討論等。
去年國民黨領銜之反空污、反核食、反深澳電廠等三大公投，被中選會查出有大量「偽造情事」、「死人連署」、「重複簽署」等狀況。民進黨立委蘇巧慧、李俊俋已提案修法，明定提案人及連署人名冊須貼附「國民身分證影本」或「足資證明為本人之證明文件影本」，以防謄抄、偽造情事。
其中，「反空污」公投的提案領銜人為現任台中市長盧秀燕，因盧當時身兼「提案人」及「台中市長候選人」身份，被民進黨批評是「政治操作」。為此，蘇巧慧提案也明定，公投之提案人，不得為同日舉行之投票公職人員候選人。
人權不能公投！藍綠立委皆以「公投內容不得違憲」為修法方向
反同婚陣營提出之「你是否同意民法婚姻規定應限定在一男一女的結合？」、「你是否同意以民法婚姻規定以外之其他形式來保障同性別二人經營永久共同生活的權益？」被挺同團體質疑，婚姻屬於基本人權，強調「人權不能公投」，但兩案最後仍雙雙過關。
民進黨立委林靜儀、蘇巧慧及國民黨立委許毓仁都提出修法，規定公投內容不得違憲。其中，許毓仁版本規定，「侵害憲法上所保障之權利」事項不得作為公投提案；蘇巧慧版本則是「公投涉及人民之權利義務者，不得違反憲法之規定」；林靜儀版本則為「公投提案不得違反憲法所保障之權利義務規定。」
「公告期」、「綁大選與否」朝野方向不一
九合一大選後，民進黨內部在敗選檢討時，也曾質疑「政府棄守公投」。李俊俋提案則規定，政府（立法及行政機關）應提出意見書及提案通過之影響評估，以資社會討論。
針對公投成案後之「公告期」，朝野提案意見不一，現行規定，主管機關應於公投案公告成立後1個月起至6個月內，舉行公民投票。蘇巧慧、林靜儀版本主張成案後6個月後始得舉行公投；李俊俋版本則較為彈性，修正為「3個月至6個月」內舉行公投。
至於公投是否綁大選，李俊俋、蘇巧慧、國民黨立委李彥秀版本都主張「應」同日舉行；林靜儀版本則改為「得」同日舉行；民進黨立委施義芳則明定「公投日」，規定每年8月第4個星期六為法定公投日。
