虱目魚的酸味，推測因虱目魚富含脂肪酸、胺基酸而魚肉較酸。
礦物質
虱目魚也含有豐富的礦物質，有助維持人體的正常生理機能。
礦物質是人體無法自行合成的化學元素，有些是人體所需的營養素，包括鈣、磷、鉀、鈉、鎂、硫等主要礦物質，以及鐵、鈷、銅、鋅、錳、鉬、碘、硒、氯等微量礦物質。
虱目魚所含的礦物質，包括硫、磷、鉀、鎂、鈣、鈉、銅、鐵、鋅、錳、硒等，都有助促進人體健康。
維生素
虱目魚也含有豐富的維生素，有助調節人體的新陳代謝作用。
維生素是人體無法自行合成的有機化合物，需要從食物獲取的微量營養，包括四種脂溶性維生素A、D、E、K，九種水溶性維生素B、C。
虱目魚含有維生素A、維生素B（B1、B2、B3、B5、B6、B9、B12）、維生素 C、維生素D、維生素E等。
人體所需要的營養素，共有四大類：必需胺基酸、必需脂肪酸、礦物質、維生素，虱目魚都含量豐富，堪稱營養完整。
野生與養殖虱目魚營養成分差異
台灣是虱目魚養殖大國，但台灣海域也有野生虱目魚，兩者的魚肉在營養成分上有何差異？
一般來看，野生虱目魚體型較大、背部較黑、尾鰭較長，但養殖虱目魚的腹部油脂明顯較多，其胃（胗）、肝也較大。
對比野生、養殖虱目魚的生化成分，涉及採樣的不同，尤其養殖虱目魚因鹽度、水深、飼料等飼養方式的不同，其生化成分也會有所差異。
根據國立臺灣海洋大學食品科學系謝孟芳碩士論文《不同養殖方式與野生虱目魚之生化特性比較》（二○一○年）的說法：
◆養殖魚、野生魚的蛋白質含量皆在百分之二十以上，以野生魚含量最高。養殖魚的蛋白質含量百分之二一點四八至二六點三三（高於鮭魚，接近鮪魚）。
◆養殖魚的脂肪含量百分之七點三六至十一點一四，明顯高於野生魚。
◆不同養殖魚間之脂肪含量差異亦大，其腹肉脂肪含量皆高於背肉。
◆養殖魚腹肉脂肪含量之多寡，與飼料中之脂肪含量有關，初步判斷飼料中添加的油脂種類以植物油為主。
◆野生魚的Omega-3不飽和脂肪酸（EPA、DHA）、Omega-6不飽和脂肪酸的含量都比養殖魚高。
◆養殖魚在抗氧化試驗中的還原能力，並沒有顯著差異。野生魚清除DPPH自由基能力（抗氧化能力）較養殖魚強。
根據行政院農業部水產試驗所《水產研究》（二○○四年）彭昌洋、蔡雪貞〈養殖和野生虱目魚化學組成分之比較〉的說法：
（1）養殖魚或野生魚的蛋白質均屬高品質蛋白質，但野生魚「粗蛋白」（Crude protein，真蛋白質及含氮物）的含量較養殖魚高。
（2）養殖魚的肥滿度顯著大於野生魚，養殖魚的「粗脂肪」（Crude fat，真脂肪及類脂肪）遠高於野生魚。
