當事人提起第三次再審時，最高行政法院又已該案件已逾5年的再審期間，認為再審不合法予以駁回，而最高法院計算再審期間，則是以釋字第706號解釋之原因案件作成之日（即97年3月13日最高行政法院97年度判字第63號判決）起算5年（最高行政法院103年度裁字第235號裁定意旨參照）。聲請人迫不得已，只好轉向財政部申請扣抵溢繳之營業稅款，惟仍遭稅捐稽徵機關否准，嗣後雖再提起訴願，仍遭財政部駁回。在四處碰壁、求救無門之下，只好聲請大法官就釋字第706號解釋為補充解釋。
大法官為了處理706號解釋所產生的問題，也就是當事人已歷經千辛萬苦拿到了有利的解釋，卻仍無法讓權利獲得救濟，乃釋參照釋字第 747 號解釋的作法（即該案件聲請人就聲請釋憲原因案件之土地，得自解釋送達之日起三個月內，依解釋意旨請求需用土地人向主管機關申請徵收地上權），直接喻示本號解釋當事人可以獲得救濟的方法，原因無他，正是為了讓憲法解釋可以發揮實質保障人權的功能。因為擔心聲請人在本號解釋作成後，還是無法獲得救濟，陳碧玉大法官甚至在本號解釋協同意見書中指出，稅捐稽徵機關除應減除已實際准予抵扣之數額外，對於聲請人據以申報扣抵銷項稅額之進項稅額額度，「不得拒絕」。
關於再審期間及個案救濟的問題，過去已有許多大法官指出，人民的再審權利不應受到大法官解釋期間的影響（參照釋字第725號解釋陳春生大法官部分協同部分不同意見書、陳新民大法官部分協同部分不同意見書，釋字第455號解釋翁岳生大法官協同意見書）。詹森林大法官在本號解釋協同意見書中，亦特別指出，人民聲請解釋憲法或聲請統一解釋，目的是在「贏回官司」。以行政訴訟法而言，行政訴訟法第273條第2項規定：「確定終局判決所適用之法律或命令，經司法院大法官依當事人之聲請解釋為牴觸憲法者，其聲請人亦得提起再審之訴。」
同法 276條第4項卻未將聲請解釋憲法之情形排除 5 年的期間限制，不僅造成「人民聲請釋憲，縱使成功，對其自身之案件亦無實益」的不合理狀態，使人民無法藉由聲請解釋憲法或統一解釋以達成「贏回官司」之終局目的，並可能產生「法律或命令違憲而侵害人民權利，卻不許其救濟」的情形，是否符合憲法第16條保障人民訴訟權之意旨，實有可疑之處。因此，如何通案解決人民聲請釋憲成功，卻無助贏回官司的困境，毋寧更為釋憲制度應徹底檢討之課題。黃瑞明大法官就此亦呼應，應儘速修改司法院大法官審理案件法及其他法律，以提供釋憲聲請人享有合理的再審期間，俾聲請釋憲之後有獲得救濟之機會。
