蘇軾於2月初一到達黃州，蘇轍將自己家眷安頓在江西後，雇船送嫂子、侄子和兄長僕從去黃州。蘇轍在黃州住了10天，與蘇軾一起遊覽了武昌縣寒溪西山寺後，因江西一大家子需要照顧，又有公務在身，只好告別。
世無斯人誰與遊
在黃州5年，蘇軾終於恢復有限的自由，可以脫離監視居住了。蘇軾第一個願望就是去看蘇轍。他一路走來，一路不斷派人給蘇轍送信，告訴他走到哪裡了，其迫切心情由此可知。這年端午他們終於在筠州團圓，熬過了最艱難的日子，彼此分外珍惜，非常滿足。
第2年，宋神宗駕崩，宣仁太后實施「元祐更化」，蘇軾、蘇轍兄弟迎來了人生的高光時刻。他們雙雙還朝，蘇軾任翰林學士知制誥，蘇轍任中書舍人。翰林學士知制誥負責在宮廷裡為皇帝起草詔書，稱「內制」；中書舍人在中書省起草檔，稱「外制」。兄弟二人同時掌內外制，一時傳為佳話。他們同朝為官，經常見面，少了些兩地相思之苦。
事實證明，蘇轍低調內斂的性格在黨爭中更適合生存。即便舊黨執政，蘇軾仍免不了多次出守地方，先後知杭州、知潁州、知揚州。而蘇轍於元祐5年（1090）任御史中丞，元祐6年任尚書右丞，元祐7年任門下侍郎，成為副宰相。
可惜好景不長，元祐8年，宣仁太后去世，哲宗親政，新黨再次控制了朝政。蘇軾、蘇轍都預感到時局變化，一場血雨腥風恐不可避免。於是蘇軾請郡定州，到東府（尚書省）向蘇轍告別：
庭下梧桐樹，三年三見汝。前年適汝陰，見汝鳴秋雨。
去年秋雨時，我自廣陵歸。今年中山去，白首歸無期。
客去莫歎息，主人亦是客。對床定悠悠，夜雨空蕭瑟。
起折梧桐枝，贈汝千里行。重來知健否，莫忘此時情。
東府的院子裡有一棵梧桐樹，蘇軾每次來與蘇轍告別或相聚，都恰巧趕上雨天。梧桐靜靜地矗立在那裡，默默地承受著風吹雨打，不知是悲還是喜。從元祐六年算起，出知潁州在這裡告別，揚州還朝在這裡相聚，加上這次到定州去，已經是3年3見了，梧桐見證了兄弟友誼，更見證了悲歡離合，只是這次分別後，是否還有歸來日？詩中第一個「客」指蘇軾自己，「主人」指蘇轍，可蘇軾有不祥的預感，蘇轍這位主人不久也會離開，成為「客」。蘇軾再次想起「夜雨對床」的承諾，但「對床」遙不可期，只有「夜雨」敲打著離人的愁緒。
這次出守之後，蘇軾再也沒有回到京師。
紹聖元年，蘇轍終於未能倖免，落職汝州，而蘇軾更被貶到遠在嶺南的惠州。閏四月，蘇軾路過汝州，蘇轍從本不寬裕的家資中拿出七千貫錢，交給蘇軾長子蘇邁，讓他到宜興買地置產，為蘇軾在江南留下一支。蓋嶺南九死之地，蘇轍擔心他們一家有去而不復返矣！
