蔣氏父子聯手行動，蔣介石立下絕不「護短」的意志，蔣經國採取鐵腕行動。在中國大陸時期，國民黨政府軍政2大權責混亂不清特務系統，「軍統」及「中統」1950年11月合併改組為「政治行動委員會」，並交由蔣經國領導。
打貪除弊方面效果卓著，短短幾年民國政府變得上下廉潔，成了歷來華人政府治理中的典範。政府、國民黨、軍隊中權力和紀律得到整治，蔣介石終於實現了「統一」，成為一手掌握所有權力的獨裁者。不再有抗命、分裂，中華民國成為一部清廉、高效率的政治機器。
不過同時，2蔣也以防範「共匪」滲透、叛亂的名義，剷除異己、不同政治主張者。維護政權穩定和自身權力不受威脅和挑戰，伴隨而來發生「白色恐怖」。
1955年，常與蔣介石頂撞、意見不合，受美國人器重和曾想暗中扶植的，前陸軍總司令、總統府參軍長孫立人，被指控涉嫌「密謀政變」。被軍事法庭審判，遭軟禁30多年。
維基百科中搜索資料顯示，1949年5月20日始至1991年6月3日，臺灣省政府和臺灣警備總司令部發布《臺灣省戒嚴令》，台灣實施戒嚴開始，到1992年5月16日，修正中華民國刑法第一百條，終結「言論叛亂罪」，被視為「白色恐怖」的時期。
這一時期，在台灣各地發生濫捕、濫殺、刑求毆打及沒收財產的政治案件。根據行政院法務部一份報告顯示，戒嚴時期，軍事法庭受理的政治案件29407件，據估計涉及的人數約14萬人。
1950年代的前5年，民國政府在臺灣處死了4,000至5,000人。另外有8,000名以上，外省和本省藉各界人士，從知識分子到工人農民，被判處十年以上有期徒刑到無期徒刑。所有的政治案件中，其中有多少冤案、錯案，至今無法確切估算定論。
蔣介石的「軸線」，「沒有主義的主義」
蔣介石並非單純一介武夫和軍人，他從28歲到82歲，每天自律地認真書寫數千萬字的日記。文筆、思路、格局，非常人可比。一有時間也大量閱讀吸收知識，尤其在台灣時期，幾乎每天書不離手，涉略軍事、國際政治、經濟，掌握最新的資訊和發展趨勢。
蔣介石習慣崇尚權威和教條，而非自我演變的思想和論述。總是「追隨總理革命遺志，實現『三民主義』不離口」。或許，他真的五體投地，信仰總理留下的「主義」。也可能，是為了抬高自己，以此來凸顯他是「國父」傳人，具有法統和權位正當性。
學醫出身的孫中山，所創造出來的「三民主義」，有多少政治理念和思想價值的含金量，其實值得商榷。在2蔣軍事統治時期，「三民主義」無處不張貼，政治場合、學校、軍隊，留於形式時刻被高呼。而現在兩岸，這套「主義」沒有內在生命力，已被自然淡化。
