蔡英文總統競選期間，針對美豬進口議題，曾經講過「台灣豬要有競爭力」，攸關台灣養豬業升級水污費與沼氣發電設備補助，今年同步上路，農委會方面希望豬糞尿沼氣發電設備，今年能涵蓋100萬頭豬，目前申裝狀況並未達預期，環保署補助部分，目前申裝家數仍然掛零，胡蘿蔔還沒有嚐到，棍子卻將揮下，環保署預計今年7月正式開徵畜牧業水污費，一頭豬每年水污費40元，部分縣市開辦初期雖然有打折，但對豬農來說養豬成本仍略有增加，「所幸最近豬價不錯，豬農尚未出現反彈」，農委會官員說。
環保署2015年3月31日修正《水污染防治費收費辦法》，將畜牧業廢水納入徵收範圍，但給予2年緩衝期，今年7月將首度徵收上半年水污費，搭配農委會「新農業政策」的豬糞尿沼氣發電設備補助，希望藉此推動農業廢棄物循環經濟，提高台灣能源自給率。
沼氣發電電價不下太陽能 每頭豬每年可多賺達600元
有鑒於台灣豬農目前飼養方式，仍是以抽取地下水沖洗豬舍，廢水厭氧發酵產生沼氣後，仍需排放大量廢水，為降低豬農廢水處理成本，環保署最近公告的《水污染防治措施》還網開一面，同意養豬戶糞尿，經厭氧發酵或曝氣處理後，所產生之沼液沼渣，經農業主管機關同意，得將沼渣、沼液作為鄰地土壤肥分。能源局將沼氣發電躉購電價，大幅調高為每瓩5.0087元，跟屋頂型太陽能發電躉購價不分軒輊。
農委會方面原本預估，這項政策胡蘿蔔可望讓每頭豬每年增加600元沼氣發電收入，不過開辦迄今，距離農委會今年100萬頭的政策目標仍然遙遠，但畜牧業水污費2年緩衝期結束，7月起，全台7609場養豬場544萬2000頭豬隻，每隻每年將徵收40元水污費，以上半年計算，大約為1億元的成本。
環保署水污處專門委員魏文宜表示，為了鼓勵豬農提高污染防治設備，畜牧業水污染防治費可以採取3種方式申報，第一種是按照放水質與水量徵收，每公斤化學需氧量（COD） 12.5元，懸浮固體0.62元，中小型豬農若覺得用水質水量計算太過麻煩，可以選擇以符合放流水標準90%計費，或者是以養豬頭數計算。農委會方面預估，絕大多數豬農都會選擇以養豬頭數繳納水污費。
沼渣沼液當肥料免繳水污費 全台37養豬場作推行先鋒
魏文宜強調，由於目前養豬業沼氣發電，所採用的「三段式處理」，沼渣沼液在排出以前，必須先經過「曝氣」，過程中抽水馬達必須大量耗電，佔整體沼氣發電成本的84%，為了降低豬農成本，環保署同意豬農可以跳過「曝氣」階段，在農政單位協助下，讓沼渣沼液就近排放到鄰近農地，作為土壤肥分，這部分不必繳納水污費，但必須檢具灌排計畫書。
