國防大學愛滋生「阿立」2012年遭開除學籍引發爭議。衛福部長林奏延27日上午重新核定裁罰公文，確定罰金100萬元維持不變，最快29日由衛福部疾病管制署對國防大學開罰，將成為國內首例針對公署歧視愛滋患者「就學」而開罰的案件，且罰金也是史上最高。國防部27日對此重申，國防大學並未歧視阿立，並會對裁罰採取行政救濟。
國防部少將發言人陳中吉27日辯稱，國防大學並沒有歧視阿立，其遭開除的原因是德行考核不合格，原擬追討阿立在學期間約80餘萬的津貼；但在總統蔡英文裁示要「疼惜」處理後，暫緩追討，改將核發阿立的修業證明與成績單，且不會因遭衛福部開罰而變調。
流血有恐影響士氣？衛福部與國防大學因此興訟
此案源於2011年，就讀國防大學的阿立僅剩一個學期就能畢業，卻在一次例行體檢中篩檢出愛滋病，在學校從「榮譽假多到放不完」的活躍幹部，瞬間淪為校方的眼中釘。衛福部確診阿立為愛滋患者後，學校多次要求阿立寫自白書自述如何染病，還因內容過短遭退件3次。阿立後來向媒體指出，校方甚至以「日後帶兵有流血可能，被士兵得知愛滋病情恐影響士氣」為由逼迫退學；後來阿立因違規攜帶電腦，德育成績被扣光而在2012年慘遭退學，但阿立冤喊不平，「寢室其他人也有帶電腦，為何只舉報我一人？」
衛福部得知阿立遭開除後，揚言依《愛滋患者權益保障條例》可對歧視愛滋患者就學、就醫、就業之情事，開出30萬至150萬罰鍰，並指若國防大學不撤銷退學處分，就將開罰，且定期內不予以改善還得連續開罰。國防大學因此與衛福部大打訴訟戰。
2016年3月，台北高等行政法院判衛福部敗訴，指稱衛福部並非教育主管機關，無權撤銷退學處分，但是，衛福部仍可依《愛滋患者權益保障條例》開罰。衛福部不滿判決，已於4月提出上訴，且近日3度遞狀最高行政法院，強調若我國漠視愛滋權益，將淪國際笑柄。
對國防大學開罰的3個第一：首例針對就學、首例針對公署、裁罰金額最高
日前疾管署研擬向國防大學開罰100萬元，但在法規會議時，遭指開罰公文應清楚說明罰由及罰鍰基準，故公文又送回疾管署。衛福部公關室主任劉明勳27日指出，在補足相關裁罰事證後，部長林奏延於27日上午核定，確定開出100萬元的罰單，裁罰書最快將於29日寄交國防大學。
疾管署統計，2013年至今，有5起因違反《愛滋患者權益保障條例》歧視愛滋患者就醫、就業而遭罰的案例，其中歧視就業3件、歧視就醫2件，而5件案例的罰鍰加總為123萬元。衛福部此次對國防大學開罰，是首次針對歧視「就學」開罰，也是首次針對公家機關開罰，且罰金也是史上最高。
國防部：遭罰並不影響核發修業證明
國防部發言人陳中吉27日受訪時表示，針對衛福部的開罰，在收到公文書後，將採取訴願或尋求行政救濟。
對於歧視指控，國防部辯稱，國防大學並未歧視愛滋患者，也未歧視阿立，開除阿立的理由是因為他德行考核不合格。且阿立是公費生，國防部原擬追回阿立在學期間80餘萬的就學津貼，卻在蔡英文日前公開指示「不但不能歧視，還要特別疼惜」下，暫緩執行，改將核發阿立的修業證明與成績單。
國防部27日強調，核發修業證明與成績單的作法，不會因衛福部開罰而有所改變。
