此後，法塔赫主導下的巴解明顯成為巴勒斯坦反抗運動代表：不僅阿拉伯石油出口國慷慨提供財政資助，在1973年的阿拉伯國家峰會上，阿拉伯聯盟也承認巴解是巴勒斯坦人民的唯一合法代表，1974年的聯合國大會同樣跟進，並授予巴解組織觀察員地位。
哈馬斯則誕生於泛伊斯蘭主義思潮，這點由其全名「伊斯蘭抵抗運動」（حركة المقاومة الإسلامية）也可看出。1970年代，加薩穆斯林兄弟會領導人謝赫·艾哈邁德·亞辛 （Sheikh Ahmed Yassin）開始壯大影響力，並在以色列允許下成立慈善組織伊斯蘭中心（المجمع الإسلامي）。起初，亞辛等人並不直接抵抗以色列對加薩的佔領，而是將矛頭對準法塔赫、解放巴勒斯坦人民陣線（PFLP）等世俗與左翼組織，以色列當然樂見這種場面，甚至一度鼓勵伊斯蘭主義者與巴解爭權。這種「分而治之」策略，一直持續到了1987年第一次大起義爆發、亞辛等人成立哈馬斯。
而從後續發展來看，以色列的自作聰明似乎有些適得其反：扶持伊斯蘭主義者確實分化了巴勒斯坦派系與領導層，但其結果並不是削弱巴勒斯坦整體的武裝反抗力量，而是催生了哈馬斯這個更激進派系。因此第一次大起義結束後，以色列便轉換策略，既以武力打擊哈馬斯，也利用哈馬斯的伊斯蘭屬性，把鎮壓殺戮定位成反恐戰爭，從而模糊自己非法佔領的事實。
但基本上在這個時期，法塔赫與哈馬斯雖有分歧，卻更多是意識形態差異：法塔赫認為哈馬斯不夠現代化、也不務實，哈馬斯則認為法塔赫衰老疲累、只想結束戰鬥。這種分歧並沒有上升到全然的政治與行政分裂，之後真正導致雙方分道揚鑣、勢不兩立的，還是1993年的《奧斯陸協議》（Oslo Accords）簽署，以及2006年的巴勒斯坦大選。
首先是1993年的《奧斯陸協議》。這一事件當然是以巴和平的里程碑，卻也是導致巴勒斯坦分裂的首要關鍵。一來，出於種種原因，奧斯陸進程下的巴勒斯坦權力機構（PA）缺乏政治與經濟主體性；二來，協議簽署從一開始就沒有取得巴勒斯坦內部共識，而是由法塔赫主導的巴解與美國、以色列共同進行，導致了哈馬斯等派系的後續反彈。
在《奧斯陸協議》簽署隔年，巴勒斯坦權力機構於1994年正式成立。但有鑑於以色列的強勢存在，巴勒斯坦權力機構的實際「治理」空間相當有限；與此同時，由於以色列開始對巴勒斯坦工人與貨物實施嚴格的旅行限制、對西岸和加薩走廊實施嚴格的經濟政策，這導致巴勒斯坦不僅失去經濟獨立的可能，也變得嚴重依賴外國援助，並讓「捐助者」有能力左右巴勒斯坦政治。
