網路跨境交易快速成長，財政部領先全球為此修訂「跨境電商營所稅課徵規定」。跨境電商如Facebook、Uber等，無論在台灣有無固定營業場所及營業代理人，取得境內所得時皆須依法辦理扣繳及申報，也簡化跨境電商課稅方式，確保業者如實報稅，減少消費者負擔。
據《中央社》報導，跨境電商營業稅登記制在2017年5月就已經上路，包含社群網站Facebook、訂房網站Agoda、Expedia，叫車平台Uber，App Store、Android Play等平台業者，以及Amazon等電商，都已來台登記，申報情形良好，財政部估計稅收上看18億元。
財政部更進一步制定跨境電商營所稅課徵規定。賦稅署表示，針對跨境電商要如何課稅的規定，在各國尚未有一致的標準，「我們可說是領先全球」。
新制上路 國稅局可推算境外電商銷售
原本當境外電商販售勞務給我國企業時，企業支付款項前，要先扣繳20%稅款；但是境外電商販售服務對象是一般消費者，由於消費者無扣繳義務，國稅局難以掌握境外電商的銷售情況，導致無法課稅。新制上路後，有了營業稅資料做基礎，國稅局即可推算境外電商在台灣的銷售情況。
舉例來說，台灣的公司透過國外社群網站刊登廣告，並支付廣告費用新台幣10萬元，由於該社群網站在台灣無固定營業場所及營業代理人，台灣公司支付廣告費用時，應扣繳20%稅款，即2萬元，並於代扣稅額當日起10天內繳清。
不過，像臉書（Facebook）、Agoda、Uber等在台灣已有辦理營業登記的跨境電商，去年起可適用跨境電商課稅新制，除了可採核實計算所得額並繳稅外，亦可向國稅局申請按營業項目適用同業利潤標準淨利率計算所得，或按平台服務電子勞務業別，依淨利率30%計算所得額，再根據台灣的「利潤貢獻度」，計算應稅所得。
以Facebook為例，台灣企業付給Facebook新台幣1萬元在國內刊登廣告，屬我國境內所得，可依規定辦理適用淨利率30%，利潤貢獻度為100%（因為只在國內刊登），則1萬元中的3000元屬應稅所得（1萬元x30%x100%=3000元），乘以境外企業扣繳率20%後，Facebook此筆交易要繳600元的所得稅，比起原本就源扣繳2000元稅款，還少了1400元。
官員表示，對跨境電商來說，所得稅新制其實比就源扣繳更加優惠。而新制回溯至去年適用，呼籲跨境電商儘速申請，今年5月就能以新制申報營所稅；至於去年已經就源扣繳20%的部分，也可以申請退稅。
財政部官員指出，過去不乏聽聞有些跨境電商與境內企業交易，會要求境內企業代繳稅款，意即交易金額為新台幣100萬元，跨境電商業者就要實拿100萬元，結果境內企業實際必須支出125萬元，企業負擔大幅增加。跨境電商營所稅新制上路後，跨境電商租稅負擔降低，轉嫁稅負的誘因減少，消費者也有機會減輕負擔。
